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- PDB-9jk1: Crystal structure of CDK12/Cyclin K in complex with covalent inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jk1
タイトルCrystal structure of CDK12/Cyclin K in complex with covalent inhibitor YJZ5118
要素
  • Cyclin-K
  • Cyclin-dependent kinase 12
キーワードTRANSFERASE / kinase / covalent inhibitor / selective
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / regulation of signal transduction / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / RNA splicing / cyclin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / mRNA processing / protein autophosphorylation / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / cell division / protein serine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cyclin-K / Cyclin-dependent kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Huang, W.X. / Zhang, P.J. / Yang, J.Z. / Ding, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071446 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of YJZ5118 : A Potent and Highly Selective Irreversible CDK12/13 Inhibitor with Synergistic Effects in Combination with Akt Inhibition.
著者: Yang, J. / Chang, Y. / Zhou, K. / Huang, W. / Tien, J.C. / Zhang, P. / Liu, W. / Zhou, L. / Zhou, Y. / Ren, X. / Mannan, R. / Mahapatra, S. / Zhang, Y. / Hamadeh, R. / Ervine, G. / Wang, Z. / ...著者: Yang, J. / Chang, Y. / Zhou, K. / Huang, W. / Tien, J.C. / Zhang, P. / Liu, W. / Zhou, L. / Zhou, Y. / Ren, X. / Mannan, R. / Mahapatra, S. / Zhang, Y. / Hamadeh, R. / Ervine, G. / Wang, Z. / Wang, G.X. / Chinnaiyan, A.M. / Ding, K.
履歴
登録2024年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 12
D: Cyclin-K
B: Cyclin-dependent kinase 12
C: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,76010
ポリマ－142,2604
非ポリマー1,5006
水905
1
A: Cyclin-dependent kinase 12
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9016
ポリマ－71,1302
非ポリマー7714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclin-dependent kinase 12
C: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8594
ポリマ－71,1302
非ポリマー7292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.200, 77.190, 91.460
Angle α, β, γ (deg.)75.880, 85.630, 77.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 717 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 717 through 720 or (resid 721...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 20 through 54 or (resid 55...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 20 through 137 or (resid 138...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERASPASPAA717 - 10385 - 326
d_12ens_1CYSCYSCYSCYSAA1039327
d_21ens_1SERSERGLUGLUBC717 - 8875 - 175
d_22ens_1ARGARGASPASPBC890 - 1038178 - 326
d_23ens_1CYSCYSCYSCYSBC1039327
d_11ens_2THRTHRSERSERCD20 - 25922 - 261
d_21ens_2THRTHRSERSERDB20 - 22722 - 229
d_22ens_2ARGARGSERSERDB233 - 259235 - 261

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.520362902029, 0.641961235921, 0.563123629203), (0.641303263966, -0.729214076565, 0.238698458659), (0.563872834794, 0.236923198766, -0.791147789017)-21.2608487101, 30.3353652302, 22.1149630978
2given(0.499777354676, 0.640382253077, 0.583209366949), (0.649407049115, -0.722591195206, 0.236922875996), (0.573143158655, 0.260331585779, -0.777003465329)-21.7542439563, 30.7862908228, 21.6964777317

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 12 / Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 ...Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 / CDC2-related protein kinase 7 / Cell division protein kinase 12 / hCDK12


分子量: 39629.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK12, CRK7, CRKRS, KIAA0904
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYV4, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-K


分子量: 31500.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNK, CPR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75909

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非ポリマー , 5種, 11分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-A1EB3 / N-[5-[[4-[(5-cyanopyridin-2-yl)amino]cyclohexyl]-[(phenylmethyl)carbamoyl]amino]-2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]phenyl]propanamide / YJZ5118


分子量: 622.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H46N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.8, 21.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→29.56 Å / Num. obs: 34082 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 61.54 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.72→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4551 / CC1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→29.56 Å / SU ML: 0.4335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.3361
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1999 5.87 %
Rwork0.2482 32066 -
obs0.2493 34065 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8584 0 120 5 8709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00368925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.760812140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04951357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541535
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.44163215
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05745929723
ens_2d_2DCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.6988514561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.790.38821440.36742300X-RAY DIFFRACTION97.37
2.79-2.860.38021420.35472293X-RAY DIFFRACTION97.52
2.86-2.950.35491450.34182323X-RAY DIFFRACTION97.2
2.95-3.040.37791380.32252208X-RAY DIFFRACTION96.94
3.04-3.150.32061450.31482331X-RAY DIFFRACTION97.48
3.15-3.280.3581410.29452267X-RAY DIFFRACTION97.65
3.28-3.430.28011420.27732267X-RAY DIFFRACTION97.49
3.43-3.610.27921440.25742320X-RAY DIFFRACTION97.16
3.61-3.830.27421430.24062295X-RAY DIFFRACTION97.79
3.83-4.130.21531430.23262289X-RAY DIFFRACTION97.67
4.13-4.540.24051440.20832308X-RAY DIFFRACTION97.85
4.54-5.20.23561420.22042274X-RAY DIFFRACTION97.7
5.2-6.530.27881420.24892296X-RAY DIFFRACTION97.72
6.53-29.560.20771440.20132295X-RAY DIFFRACTION97.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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