PDB-9jjo: putative MgE1P-ADP of human TMEM94

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jjo

タイトル

putative MgE1P-ADP of human TMEM94

要素

Endoplasmic reticulum magnesium-transporting P-type ATPase

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

magnesium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / Transmembrane protein 94 / P-type magnesium transporter activity / intracellular magnesium ion homeostasis / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / endoplasmic reticulum membrane / Chem-POV / Transmembrane protein 94

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å

データ登録者

Gong, D.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of full-length human transmembrane protein 94 argues against its classification as a P-type Mg ATPase.
著者: Yuqi Li / Ye Cong / Xinyao Lou / Weiping Li / Runhao Wang / Mingyu Gong / Jiaxian Xiao / Dandan Qian / Chuangye Yan / Deshun Gong /

履歴

登録	2024年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jjo.cif.gz	227.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jjo.ent.gz	174 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jjo_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jjo_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9jjo_validation.xml.gz	47.3 KB	表示
CIF形式データ	9jjo_validation.cif.gz	69.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/9jjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/9jjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61534MC 61530C 61533C 61542C 61543C 61544C 9jjkC 9jjnC 9jk3C 9jk4C 9jk5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmic reticulum magnesium-transporting P-type ATPase

ヘテロ分子

157 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

Endoplasmic reticulum magnesium-transporting P-type ATPase / ERMA / Endoplasmic reticulum magnesium ATPase / Transmembrane protein 94

分子量: 155632.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM94, KIAA0195 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12767, P-type Mg2+ transporter

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC

分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: putative MgE1P-ADP of TMEM94 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170219 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	8566
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.571	11632
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.508	1176
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.037	1371
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1445

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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