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- PDB-9jjf: Nematostella vectensis TRPM2 protomer in complex with ADPRP/Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jjf
タイトルNematostella vectensis TRPM2 protomer in complex with ADPRP/Ca2+
要素Transient receptor potential cation channel subfamily M member-like 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Nematostella vectensis / TRPM2 / ADPRP / Ca2+
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose diphosphatase activity / ligand-gated calcium channel activity / ligand-gated sodium channel activity / sodium ion transmembrane transport / calcium ion transmembrane transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / TRPM2-like domain / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A2R / Transient receptor potential cation channel subfamily M member-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Nematostella vectensis (イソギンチャク)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Jiang, Y. / Zhang, Z. / Toth, B. / Szollosi, A. / Csanady, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)YFA1302300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: A conserved mechanism couples cytosolic domain movements to pore gating in the TRPM2 channel.
著者: Balázs Tóth / Yuefeng Jiang / Andras Szollosi / Zhe Zhang / László Csanády /
要旨: Transient Receptor Potential Melastatin 2 (TRPM2) cation channels contribute to immunocyte activation, insulin secretion, and central thermoregulation. TRPM2 opens upon binding cytosolic Ca and ADP ...Transient Receptor Potential Melastatin 2 (TRPM2) cation channels contribute to immunocyte activation, insulin secretion, and central thermoregulation. TRPM2 opens upon binding cytosolic Ca and ADP ribose (ADPR). We present here the 2.5 Å cryo-electronmicroscopy structure of TRPM2 from (nvTRPM2) in a lipid nanodisc, complexed with Ca and ADPR-2'-phosphate. Comparison with nvTRPM2 without nucleotide reveals that nucleotide binding-induced movements in the protein's three "core" layers deconvolve into a set of rigid-body rotations conserved from cnidarians to man. By covalently crosslinking engineered cysteine pairs we systematically trap the cytosolic layers in specific conformations and study effects on gate opening/closure. The data show that nucleotide binding in Layer 3 disrupts inhibitory intersubunit interactions, allowing rotation of Layer 2 which in turn expands the gate located in Layer 1. Channels trapped in that "activated" state are no longer nucleotide dependent, but are opened by binding of Ca alone.
履歴
登録2024年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,7674
ポリマ－176,6631
非ポリマー1,1043
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Transient receptor potential cation channel subfamily M member-like 2 / nvTRPM2


分子量: 176663.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク)
遺伝子: TRPM2, v1g248535 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A7T1N0
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A2R / [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3-HYDROXY-4-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL [(2R,3S,4R,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 639.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N5O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: nvTRPM2 protomer in complex with ADPRP/Ca2+ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Nematostella vectensis (イソギンチャク)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 474307 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0077786
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96310562
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.2972877
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1591210
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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