PDB-9jhz: 3-Hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase mutant(S117A) with acetoacetyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jhz

タイトル

3-Hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase mutant(S117A) with acetoacetyl CoA and NAD

要素

3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex with acetoacetyl CoA and NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Faecalibacterium duncaniae

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yang, J.W. / Jeon, H.J. / Park, S.H. / Kim, S.H. / Hwang, K.Y.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Structural Insights and Catalytic Mechanism of 3-Hydroxybutyryl-CoA Dehydrogenase from Faecalibacterium Prausnitzii A2-165.
著者: Yang, J. / Jeon, H.J. / Park, S. / Park, J. / Jang, S. / Shin, B. / Bang, K. / Hawkes, H.K. / Park, S. / Kim, S. / Hwang, K.Y.

履歴

登録	2024年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jhz.cif.gz	179.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jhz.ent.gz	140.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jhz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jhz_validation.pdf.gz	1009.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jhz_full_validation.pdf.gz	1023.1 KB	表示
XML形式データ	9jhz_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	9jhz_validation.cif.gz	52.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/9jhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/9jhz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jheC 9jhyC 9ji0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

ヘテロ分子

95.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

ヘテロ分子

C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
190 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.562, 90.562, 212.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-318- HOH
2	1	A-364- HOH
3	1	B-555- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain protein 分子量: 31201.486 Da / 分子数: 3 / 変異: S117A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Faecalibacterium duncaniae (strain DSM 17677 / JCM 31915 / A2-165) (バクテリア) 遺伝子: FAEPRAA2165_01580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7H5K9
#2: 化合物	ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA 分子量: 851.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium citrate dibasic, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 50628 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.193 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.202 / Χ²: 1.266 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 515685

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	3.8	0.708	2432	0.025	0.222	0.381	0.81	0.501	96.8
2.24-2.28	4.5	0.679	2443	0.136	0.49	0.338	0.763	0.505	98
2.28-2.32	5.2	0.64	2508	0.111	0.447	0.298	0.709	0.485	99.3
2.32-2.37	5.7	0.6	2525	0.275	0.657	0.265	0.659	0.471	99.4
2.37-2.42	6.3	0.604	2497	0.185	0.558	0.254	0.658	0.485	99.5
2.42-2.48	6.9	0.575	2501	0.357	0.726	0.229	0.621	0.489	99.8
2.48-2.54	7	0.542	2538	0.415	0.766	0.213	0.585	0.485	99.7
2.54-2.61	8	0.505	2498	0.65	0.887	0.185	0.539	0.462	99.9
2.61-2.69	9.5	0.512	2556	0.717	0.914	0.17	0.541	0.524	99.9
2.69-2.77	10.1	0.477	2497	0.77	0.933	0.153	0.502	0.559	99.9
2.77-2.87	10.6	0.425	2533	0.847	0.958	0.132	0.446	0.61	99.8
2.87-2.99	11.1	0.381	2533	0.919	0.979	0.115	0.399	0.652	99.8
2.99-3.12	10.8	0.332	2540	0.941	0.985	0.102	0.348	0.705	99.8
3.12-3.29	12.6	0.265	2520	0.973	0.993	0.074	0.276	0.856	100
3.29-3.49	13.8	0.222	2563	0.985	0.996	0.059	0.23	1.099	99.9
3.49-3.76	14.6	0.178	2553	0.989	0.997	0.046	0.184	1.49	100
3.76-4.14	14.1	0.148	2559	0.993	0.998	0.039	0.153	1.879	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→45.28 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2433	1993	3.95 %
R_work	0.1965	-	-
obs	0.1983	50507	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6526	0	54	241	6821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.707	919
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1040
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1149

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3522	126	0.3244	3140	X-RAY DIFFRACTION	91
2.26-2.32	0.3299	146	0.2973	3397	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.38	0.317	143	0.2722	3465	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.46	0.3105	146	0.2648	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.55	0.2908	139	0.2527	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.65	0.2948	141	0.2466	3516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.77	0.2957	138	0.2325	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.92	0.3189	145	0.2272	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.1	0.2586	141	0.2094	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.34	0.2478	144	0.1996	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.68	0.2202	143	0.1775	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.21	0.1889	147	0.154	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-5.3	0.2072	147	0.1421	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3-45.28	0.1827	147	0.1567	3637	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)