PDB-9jhv: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jhv

タイトル

Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 343K

要素

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / MTAP / complex / phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 353K
著者: Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2024年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jhv.cif.gz	151.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jhv.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jhv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jhv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jhv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9jhv_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	9jhv_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/9jhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/9jhv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jd2C 1wtaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Elution was observed at the molecular weight of the trimer
93.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.854, 78.854, 233.369
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-406- HOH

#1: タンパク質	S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTA phosphorylase / MTAP 分子量: 30777.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first M and second F are missing in the uploaded structure because the electron density could not be observed. 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 遺伝子: mtnP, APE_1885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9YAQ8, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27136 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8812599 %
結晶化	温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion 詳細: he mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...詳細: he mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir solution was as follows.15%(v/v)PEG#200,0.1 M phosphate citrate pH 5.4, 5 mM MTA

結晶

マシュー密度: 2.27136 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8812599 %

結晶化

温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion
詳細: he mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 343 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→44.36 Å / Num. obs: 34102 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.157 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.04-44.36	7.9	0.052	30.7	242	0.997	0.026	0.059	0.96	98.6
1.65-1.68	10	2.469	1.1	1679	0.339	1.203	2.752	1.05	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WTA

1wta

解像度: 1.65→44.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 4.047 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1674	1788	5.243 %
R_work	0.1182	32313	-
all	0.121	-	-
obs	-	34101	99.953 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.329 Å²	-0.165 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.329 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.067 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	32	55	2229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.819	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.58	1.758	4874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.961	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.961	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.057	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.072	10	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.782	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.3	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.058	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.832	2.428	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.822	2.428	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.245	4.364	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.242	4.364	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.042	3.12	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.041	3.12	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.426	5.426	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.421	5.425	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.605	24.644	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.601	24.65	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.03	3	4375

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.65-1.693	0.269	134	0.264	2347	0.264	2483	0.956	0.948	99.9194	0.265
1.693-1.739	0.271	117	0.251	2319	0.252	2438	0.947	0.954	99.918	0.251
1.739-1.79	0.263	137	0.22	2224	0.222	2361	0.955	0.967	100	0.216
1.79-1.845	0.237	133	0.195	2157	0.197	2290	0.961	0.975	100	0.187
1.845-1.905	0.192	127	0.156	2088	0.158	2215	0.973	0.984	100	0.145
1.905-1.972	0.194	113	0.124	2055	0.128	2168	0.978	0.99	100	0.112
1.972-2.046	0.17	101	0.108	1970	0.111	2071	0.983	0.993	100	0.096
2.046-2.129	0.165	109	0.106	1902	0.109	2011	0.985	0.994	100	0.095
2.129-2.224	0.16	105	0.095	1795	0.098	1900	0.984	0.995	100	0.086
2.224-2.332	0.134	97	0.089	1756	0.091	1853	0.99	0.996	100	0.08
2.332-2.458	0.14	96	0.089	1680	0.092	1777	0.988	0.996	99.9437	0.079
2.458-2.606	0.157	95	0.095	1569	0.098	1664	0.986	0.995	100	0.086
2.606-2.786	0.169	73	0.11	1489	0.113	1563	0.985	0.993	99.936	0.102
2.786-3.008	0.165	78	0.108	1398	0.111	1476	0.983	0.993	100	0.103
3.008-3.293	0.139	72	0.102	1285	0.104	1357	0.989	0.993	100	0.1
3.293-3.68	0.15	55	0.101	1172	0.103	1228	0.987	0.994	99.9186	0.102
3.68-4.244	0.119	47	0.091	1058	0.092	1105	0.991	0.995	100	0.099
4.244-5.186	0.121	43	0.094	900	0.095	943	0.994	0.995	100	0.106
5.186-7.284	0.203	37	0.131	714	0.134	752	0.984	0.991	99.867	0.145
7.284-44.36	0.243	19	0.15	435	0.153	459	0.978	0.982	98.9107	0.168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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