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- PDB-9jgm: The Escherichia coli yybp riboswitch as a tandem riboswitch regul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jgm
タイトルThe Escherichia coli yybp riboswitch as a tandem riboswitch regulated by Mn2+ and pH
要素yybP riboswitch
キーワードRNA / yybP / riboswitch / conformational dynamics
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Xiao, W.W. / Liu, G.F. / Chen, T. / Zhang, Y.L. / Ke, A.L. / Cai, R.J. / Lu, C.R.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Other governmentNo. CUSF-DH-D-2019076 中国
Other government21YF1433000 中国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Escherichia coli yybP-ykoY Riboswitch as a Tandem Riboswitch Regulated by Mn 2+ and pH.
著者: Xiao, W. / Liu, G. / Chen, T. / Zhang, Y. / Ke, A. / Cai, R. / Lu, C.
履歴
登録2024年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: yybP riboswitch
A: yybP riboswitch
D: yybP riboswitch
B: yybP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,46833
ポリマ－135,6414
非ポリマー82729
水00
1
C: yybP riboswitch
D: yybP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,31920
ポリマ－67,8202
非ポリマー49918
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
2
B: yybP riboswitch
ヘテロ分子

A: yybP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,14913
ポリマ－67,8202
非ポリマー32911
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x+y-1,-x,z-1/31
Buried area2110 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area34280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.416, 144.416, 161.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: RNA鎖
yybP riboswitch


分子量: 33910.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The mother liquor contained 12 mM spermine, 20 mM MgCl2, 15 mM NaCl, 40 mM Na cacodylate pH7.0, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.73→161.31 Å / Num. obs: 20018 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.73→4.09 Å / Num. unique obs: 101363 / CC1/2: 0.556

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y1I

4y1i


解像度: 3.73→72.21 Å / SU ML: 0.5323 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.5212
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 1078 5.41 %
Rwork0.2361 18830 -
obs0.2389 19908 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 196.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.73→72.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 8988 29 0 9017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001410056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.423215672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02182100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0019420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.34345028
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.73-3.90.33851270.30052354X-RAY DIFFRACTION99.72
3.9-4.110.31661270.26142359X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.360.2891340.29172363X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.70.33631560.28382325X-RAY DIFFRACTION99.96
4.7-5.170.37441470.3242348X-RAY DIFFRACTION99.92
5.17-5.920.34631350.27992350X-RAY DIFFRACTION100
5.92-7.460.32041230.27232387X-RAY DIFFRACTION100
7.46-72.210.22171290.16582344X-RAY DIFFRACTION97.55
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -56.306 Å / Origin y: 33.647 Å / Origin z: -32.473 Å
111213212223313233
T1.29912807328 Å2-0.124961393119 Å20.0392998685027 Å2-1.41243643454 Å2-0.102591147021 Å2--1.31491233902 Å2
L-0.113372929477 °2-0.0849450437219 °20.0237332186666 °2--6.64882132643E-5 °2-0.072076765988 °2---0.18878238486 °2
S-0.0393681760073 Å °0.0208253784446 Å °0.107885083593 Å °-0.109249978274 Å °0.00121384131243 Å °-0.0049430478564 Å °0.0160601130126 Å °0.0463408623607 Å °-0.721874027854 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )C1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )C201 - 209
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )C210
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )A201 - 202
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )A1 - 105
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )A203
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )B201 - 207
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )B208
9X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )B1 - 105
10X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )D201 - 207
11X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )D1 - 105
12X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:105 OR RESID 201:209 OR RESID 210:210 ) ) OR ( CHAIN A AND ( RESID 201:202 OR RESID 1:105 OR RESID 203:203 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:207 OR RESID 208:208 OR RESID 1:105 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 201:207 OR RESID 1:105 OR RESID 208:208 ) )D208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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