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- PDB-9jgf: Crystal structure of Human Serum Albumin (HSA) complexed with Ebselen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jgf
タイトルCrystal structure of Human Serum Albumin (HSA) complexed with Ebselen
要素Albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Human Serum Albumin / Ebselen / Drug Delivery / Pharmacodynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
N-phenyl-2-selanylbenzamide / MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Maji, S. / Shukla, M. / Yadav, V.K. / Bhattacharyya, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)SRG/2020/001353 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Human Serum Albumin (HSA) complexed with Ebselen
著者: Maji, S. / Shukla, M. / Yadav, V.K. / Bhattacharyya, S.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
B: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,70628
ポリマ－138,9392
非ポリマー5,76626
水7,512417
1
A: Albumin
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein appeared in the gel filtration as mixture of monomer and dimer, however, fractions corresponding to monomeric peak was pooled together and used for crystallization.
  • 72 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,03012
ポリマ－69,4701
非ポリマー2,56011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
2
B: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,67616
ポリマ－69,4701
非ポリマー3,20715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area30060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.276, 93.001, 95.059
Angle α, β, γ (deg.)74.670, 89.820, 79.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 316 or resid 318 through 584 or resid 601))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 316 or resid 318 through 584 or resid 601))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11HISHISCYSCYSAA3 - 31627 - 340
d_12ASNASNGLYGLYAA318 - 584342 - 608
d_139JT9JT9JT9JTAC601
d_21HISHISCYSCYSBB3 - 31627 - 340
d_22ASNASNGLYGLYBB318 - 584342 - 608
d_239JT9JT9JT9JTBN601

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.9998360641, 0.0162115504708, 0.0080641525364), (0.0161406982121, -0.999831225182, 0.00877490806774), (0.00820504637554, -0.00864330849286, -0.999928982694) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9998360641, 0.0162115504708, 0.0080641525364), (0.0161406982121, -0.999831225182, 0.00877490806774), (0.00820504637554, -0.00864330849286, -0.999928982694)
ベクター: 18.4245957748, 69.3945320105, -91.4211604832)

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要素

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 69469.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Covalent modification at Cys34 position by Ebselen. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-9JT / N-phenyl-2-selanylbenzamide / ~{N}-phenyl-2-selanyl-benzamide / Ebselen, bound form


分子量: 276.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, Potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2024年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.79 Å / Num. obs: 59201 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 30.9 / Num. measured all: 226705
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Num. measured all: 32467 / Num. unique obs: 8520 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I) obs: 18.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→31.58 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 5.61 / 位相誤差: 32.2387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2715 2944 5.34 %RANDOM
Rwork0.2196 56034 --
obs0.2251 59198 93.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9260 0 394 417 10071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00389819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01113128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03871415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.49771520
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.959666881996 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.37091440.28862815X-RAY DIFFRACTION88.16
2.24-2.280.33471740.27872715X-RAY DIFFRACTION85.51
2.28-2.320.31151280.28062777X-RAY DIFFRACTION88.58
2.32-2.370.30211390.27592784X-RAY DIFFRACTION87.71
2.37-2.420.28941500.26772761X-RAY DIFFRACTION88.07
2.42-2.480.331330.26072768X-RAY DIFFRACTION88.77
2.48-2.540.29631330.26212871X-RAY DIFFRACTION89.08
2.54-2.610.29911390.26332789X-RAY DIFFRACTION89.36
2.61-2.680.30591550.25432796X-RAY DIFFRACTION88.71
2.68-2.770.26111470.25122838X-RAY DIFFRACTION89.81
2.77-2.870.27321640.24812778X-RAY DIFFRACTION88.67
2.87-2.990.31181280.24672882X-RAY DIFFRACTION90.29
2.99-3.120.3211580.23892788X-RAY DIFFRACTION88.93
3.12-3.290.30081500.22872841X-RAY DIFFRACTION89.76
3.29-3.490.30291550.21612858X-RAY DIFFRACTION89.9
3.49-3.760.26121470.19832831X-RAY DIFFRACTION90.33
3.76-4.140.22681690.18082834X-RAY DIFFRACTION90.05
4.14-4.730.21381640.16552860X-RAY DIFFRACTION90.05
4.74-5.960.24161350.18532854X-RAY DIFFRACTION91.04
5.96-31.580.20981330.18442813X-RAY DIFFRACTION88.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1943616256420.224254690138-0.05511840076850.766102622977-0.3740334443350.43472724263-0.07481885455710.103611226974-0.00844152235325-0.2005342966290.0579195989725-0.01735744516030.106655600354-0.0466575066998-0.007651242260550.114778713374-0.01521326668390.0539078197190.249169828339-0.0831007415890.08600530781267.6557710311826.4931980686-19.7428419317
20.170465363631-0.2011683829170.09541285769320.721292402901-0.4338847467590.452564958267-0.0706833907951-0.0905632708410.011890483460.1747863296290.0273254238689-0.0362689354261-0.0957604965508-0.004286927005990.02234236548340.1152137877240.01018510317110.00535461963760.247900425353-0.07664001366790.10376608899926.344528098642.8637322089-71.8971336522
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 3 - 601 / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain A and resseq 3:601)AA - B
22(chain B and resseq 3:601)BC - D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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