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- PDB-9jgd: Crystal structure of Nep1 in complex with 5'-methylthioadenosine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jgd
タイトルCrystal structure of Nep1 in complex with 5'-methylthioadenosine from Pyrococcus horikoshii OT3
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase Nep1
キーワードTRANSFERASE / Conserved arginine residues / Globular loop extension / Inter-subunit interactions / Nep1 / N1-pseudouridine methyltransferase / Trefoil knot
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / rRNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis methyltransferase NEP1, archaea / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase Nep1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Saha, S. / Kanaujia, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR51982/NER/95/2011/2023 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of the ribosome assembly factor Nep1, an N1-specific pseudouridine methyltransferase, reveals mechanistic insights.
著者: Saha, S. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase Nep1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5657
ポリマ－26,9261
非ポリマー6386
水1,62190
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase Nep1
ヘテロ分子

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase Nep1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,12914
ポリマ－53,8532
非ポリマー1,27612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_454y-1/3,x+1/3,-z-2/31
Buried area6560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.240, 113.240, 102.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-468-

HOH

21A-474-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase Nep1 / 16S rRNA (pseudouridine-N1-)-methyltransferase Nep1


分子量: 26926.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
遺伝子: nep1, PH1379 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O50087, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 96分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Trigonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0 ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年4月22日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→70.97 Å / Num. obs: 13053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 160893
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Num. measured all: 13625 / Num. unique obs: 1127 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.164 / Rrim(I) all: 0.576 / Χ2: 1.45 / Net I/σ(I) obs: 5.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.4.0データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
Coot0.9.4.1モデル構築
PDB_EXTRACT4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→70.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 15.044 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24986 669 5.2 %RANDOM
Rwork0.18537 ---
obs0.1886 12283 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å2-0.66 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---4.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→70.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1871 0 41 90 2002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0121949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.6682626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5241.5824459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.915225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.936516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25310371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5962.609904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.592.604903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0164.6631127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0164.6671128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7683.2131045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7673.2171046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0295.6131500
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.01626.62207
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.02126.552193
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.57 65 -
Rwork0.538 866 -
obs--95.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.4452 Å / Origin y: 12.2807 Å / Origin z: -32.5755 Å
111213212223313233
T0.0215 Å20.0187 Å20.0076 Å2-0.03 Å2-0.018 Å2--0.061 Å2
L2.4904 °2-0.5618 °2-0.1161 °2-2.0369 °20.2051 °2--0.5863 °2
S-0.0642 Å °-0.0157 Å °0.0728 Å °0.0734 Å °0.0822 Å °-0.0807 Å °0.0255 Å °0.0359 Å °-0.018 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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