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- PDB-9jfj: Crystal structure of the cytoplasmic domain of ZraS in ADP-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jfj
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic domain of ZraS in ADP-bound form
要素Sensor histidine kinase ZraS
キーワードTRANSFERASE / ZraS / Cytoplasmic domain / Sensor histidine kinase / Two-component system / Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to lead ion / protein histidine kinase activity / cellular response to zinc ion / cellular response to cell envelope stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / signal transduction / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Sensor histidine kinase ZraS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Mahapatra, N. / Pandey, S. / Mahanta, P. / Acharya, R.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Insights Into the Conformational Dynamics of the Cytoplasmic Domain of Metal-Sensing Sensor Histidine Kinase ZraS.
著者: Mahapatra, N. / Mahanta, P. / Pandey, S. / Acharya, R.
履歴
登録2024年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase ZraS
B: Sensor histidine kinase ZraS
C: Sensor histidine kinase ZraS
D: Sensor histidine kinase ZraS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,06212
ポリマ－105,2564
非ポリマー1,8068
水00
1
A: Sensor histidine kinase ZraS
B: Sensor histidine kinase ZraS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5316
ポリマ－52,6282
非ポリマー9034
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
2
C: Sensor histidine kinase ZraS
D: Sensor histidine kinase ZraS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5316
ポリマ－52,6282
非ポリマー9034
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area23090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.870, 121.790, 88.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.044, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Sensor histidine kinase ZraS


分子量: 26313.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: zraS, hydH, b4003, JW3967 / プラスミド: pNIC28Bsa4 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 株 (発現宿主): LEMO21(DE3) / 参照: UniProt: P14377, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: Bipyramidal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→46.36 Å / Num. obs: 38311 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.96 % / Biso Wilson estimate: 65.86 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1637 / Net I/σ(I): 5.57
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 4.53 % / Rmerge(I) obs: 0.6929 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 4257 / CC1/2: 0.727 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→46.36 Å / SU ML: 0.453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.9739
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2819 1903 5.01 %
Rwork0.2609 36064 -
obs0.262 37967 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→46.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6722 0 112 0 6834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01046930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49259464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09011169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.30422415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.550.53551360.47392469X-RAY DIFFRACTION95.63
2.55-2.620.42881200.45742492X-RAY DIFFRACTION96.31
2.62-2.70.44311420.41232558X-RAY DIFFRACTION98.86
2.7-2.790.4161330.38982589X-RAY DIFFRACTION99.38
2.79-2.880.42361340.37082559X-RAY DIFFRACTION99.3
2.89-30.3841460.35782557X-RAY DIFFRACTION99.52
3-3.140.36161270.35792624X-RAY DIFFRACTION99.53
3.14-3.30.33831450.30452574X-RAY DIFFRACTION99.89
3.3-3.510.32781270.28312609X-RAY DIFFRACTION99.89
3.51-3.780.28221300.27642590X-RAY DIFFRACTION99.67
3.78-4.160.28961370.24872586X-RAY DIFFRACTION99.27
4.16-4.760.23631610.21452571X-RAY DIFFRACTION99.56
4.76-60.25311280.23662629X-RAY DIFFRACTION99.78
6-46.360.20031370.19042657X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.6769210862 Å / Origin y: 24.2169522852 Å / Origin z: 15.9474007049 Å
111213212223313233
T1.22162636433 Å2-0.00410333445813 Å20.200890060104 Å2-0.530190060248 Å2-0.00200838501503 Å2--0.548561910003 Å2
L0.725711900935 °20.782307838925 °2-0.0983464367148 °2-0.62980320839 °2-0.0429406540415 °2--0.0328494853828 °2
S0.158711470126 Å °-0.114058561453 Å °0.0513779495146 Å °0.294215052882 Å °-0.0960175963249 Å °-0.0304537964912 Å °-0.0812407651725 Å °0.037905930508 Å °-0.0616372657524 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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