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- PDB-9jff: Crystal structure of L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase CobC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jff
タイトルCrystal structure of L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase CobC in complex with reaction intermediate
要素threonine-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / cobalamin / L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase / PLP / aminopropanol phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine-phosphate decarboxylase / threonine-phosphate decarboxylase activity / cobalamin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-33P / threonine-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Jiang, M. / Guo, S. / Chen, X. / Wei, Q. / Wang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2108085MC75 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of l-threonine-O-3-phosphate decarboxylase CobC from Sinorhizobium meliloti involved in vitamin B 12 biosynthesis.
著者: Jiang, M. / Guo, S. / Chen, X. / Wei, Q. / Wang, M.
履歴
登録2024年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: threonine-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,68317
ポリマ－36,1221
非ポリマー1,56016
水8,773487
1
A: threonine-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: threonine-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,36534
ポリマ－72,2442
非ポリマー3,12132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555x,-y,-z+1/21
Buried area10060 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.074, 160.074, 160.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

NA

21A-981-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 threonine-phosphate decarboxylase / L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase


分子量: 36122.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: cobC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A499W357, threonine-phosphate decarboxylase

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非ポリマー , 6種, 503分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-33P / {3-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-PROPYL}-PHOSPHONIC ACID


分子量: 386.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N2O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.1 1.4 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 37227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 374317
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.2310.21.18437140.6710.8960.3911.2470.898100
2.23-2.3210.20.8636910.7940.9410.2840.9070.949100
2.32-2.4210.20.66436800.8680.9640.2190.6990.984100
2.42-2.5510.50.52337070.9130.9770.1690.551.076100
2.55-2.71100.38937040.9460.9860.1290.411.122100
2.71-2.92100.2836890.9680.9920.0930.2951.144100
2.92-3.2110.40.20337080.9830.9960.0660.2131.174100
3.21-3.689.90.1437360.990.9980.0470.1471.106100
3.68-4.639.90.10937510.9930.9980.0370.1150.966100
4.63-509.40.07938470.9960.9990.0270.0830.65399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→25.31 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 1790 4.89 %
Rwork0.1563 --
obs0.1581 36571 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→25.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 86 487 3049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.207967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.210.29441220.23312488X-RAY DIFFRACTION91
2.21-2.270.25161250.21532602X-RAY DIFFRACTION96
2.27-2.340.23471380.20942646X-RAY DIFFRACTION98
2.34-2.430.23431110.20992703X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.530.23651450.18772635X-RAY DIFFRACTION99
2.53-2.640.2581480.18972639X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.780.18641470.17762678X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.950.2111340.16452691X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.180.19941280.16372723X-RAY DIFFRACTION99
3.18-3.50.17931510.13622696X-RAY DIFFRACTION100
3.5-40.16821450.12332736X-RAY DIFFRACTION100
4.01-5.040.14721500.11612740X-RAY DIFFRACTION100
5.05-25.310.16321460.14032804X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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