PDB-9jfc: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa SuhB complexed with G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jfc

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa SuhB complexed with Gallic acid in monoclinic space group

要素

Nus factor SuhB

キーワード

HYDROLASE / Phytochemical

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / transcription antitermination / ribosome biogenesis / signal transduction / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yadav, V.K. / Shukla, M. / Maji, S. / Bhattacharyya, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa SuhB complexed with Gallic acid in monoclinic space group
著者: Yadav, V.K. / Shukla, M. / Maji, S. / Bhattacharyya, S.

履歴

登録	2024年9月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jfc.cif.gz	416.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jfc.ent.gz	342.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jfc_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jfc_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9jfc_validation.xml.gz	51.3 KB	表示
CIF形式データ	9jfc_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/9jfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/9jfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nus factor SuhB

E: Nus factor SuhB

I: Nus factor SuhB

M: Nus factor SuhB

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nus factor SuhB

E: Nus factor SuhB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: Nus factor SuhB

M: Nus factor SuhB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.173, 90.603, 89.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Nus factor SuhB / Inositol-1-monophosphatase / I-1-Pase / IMPase / Inositol-1-phosphatase 分子量: 29668.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The starting two amino acids are cloning artifacts (coming from the plasmid vector). 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: suhB, PA3818 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXI4, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-GDE / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Gallate 分子量: 170.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL 分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2024年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.3 Å / Num. obs: 50522 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 189644
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.282 / Num. measured all: 27802 / Num. unique obs: 7363 / CC_1/2: 0.928 / R_pim(I) all: 0.168 / R_rim(I) all: 0.329 / Net I/σ(I) obs: 4.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.21.2-5419	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→44.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 8.198 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23359	2505	5 %	RANDOM
R_work	0.18235	-	-	-
obs	0.18475	47996	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.758 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	22.61 Å²	0 Å²	1.35 Å²
2-	-	-11.4 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→44.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8288	0	94	333	8715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	8535
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	8114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.635	11531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.447	1.579	18586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.611	5	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.346	20.948	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.91	15	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.817	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	9792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.663	2.087	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.663	2.086	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.583	3.125	5408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.583	3.126	5409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.721	2.26	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.721	2.261	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.639	3.334	6124
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.879	39.685	36646
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.834	39.679	36511
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7874	0.15
1	2	E	7874	0.15
2	1	A	7976	0.15
2	2	I	7976	0.15
3	1	A	7902	0.15
3	2	M	7902	0.15
4	1	E	7954	0.15
4	2	I	7954	0.15
5	1	E	7877	0.15
5	2	M	7877	0.15
6	1	I	7995	0.16
6	2	M	7995	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	201	-
R_work	0.248	3493	-
obs	-	-	99.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2945	0.1993	0.0235	0.6246	-0.2357	0.3766	-0.0615	0.0035	0.0131	-0.0582	0.0142	0.0115	-0.0236	-0.0275	0.0473	0.0173	-0.0015	-0.0123	0.0313	-0.005	0.0399	15.334	1.438	39.138
2	0.4941	-0.2716	0.138	0.3758	0.1486	0.2897	0.0052	-0.0229	-0.0279	0.0521	0.031	-0.0261	0.0461	-0.0082	-0.0362	0.0238	0.0039	-0.0136	0.0249	-0.0005	0.039	28.673	-8.467	61.975
3	0.5021	-0.2752	-0.0046	0.2936	-0.1485	0.5328	0.0142	-0.0058	0.0343	0.0453	0.0128	0.0105	-0.041	-0.0171	-0.0271	0.0258	-0.0059	0.0195	0.0228	0.0022	0.0507	2.217	-21.508	16.926
4	0.3074	0.4028	-0.0037	0.6298	0.2133	0.6476	-0.0319	0.0136	-0.0539	-0.036	0.0394	-0.0354	-0.0138	0.0457	-0.0075	0.0137	-0.014	0.0198	0.0353	0.005	0.0605	15.84	-31.279	-6.067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	1	E	301
4	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 270
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	304
6	X-RAY DIFFRACTION	2	E	302
7	X-RAY DIFFRACTION	3	I	-1 - 270
8	X-RAY DIFFRACTION	3	I	401 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	3	M	301
10	X-RAY DIFFRACTION	4	M	-1 - 270
11	X-RAY DIFFRACTION	4	I	403
12	X-RAY DIFFRACTION	4	M	302

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