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- PDB-9jfc: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa SuhB complexed with G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jfc
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa SuhB complexed with Gallic acid in monoclinic space group
要素Nus factor SuhB
キーワードHYDROLASE / Phytochemical
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / transcription antitermination / ribosome biogenesis / signal transduction / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol monophosphatase SuhB-like / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Nus factor SuhB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yadav, V.K. / Shukla, M. / Maji, S. / Bhattacharyya, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentS-12011/12/2021-SCHEME インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa SuhB complexed with Gallic acid in monoclinic space group
著者: Yadav, V.K. / Shukla, M. / Maji, S. / Bhattacharyya, S.
履歴
登録2024年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nus factor SuhB
E: Nus factor SuhB
I: Nus factor SuhB
M: Nus factor SuhB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,12415
ポリマ－118,6754
非ポリマー1,44911
水5,999333
1
A: Nus factor SuhB
E: Nus factor SuhB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1088
ポリマ－59,3372
非ポリマー7716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
2
I: Nus factor SuhB
M: Nus factor SuhB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0167
ポリマ－59,3372
非ポリマー6795
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.173, 90.603, 89.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Nus factor SuhB / Inositol-1-monophosphatase / I-1-Pase / IMPase / Inositol-1-phosphatase


分子量: 29668.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The starting two amino acids are cloning artifacts (coming from the plasmid vector).
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: suhB, PA3818 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXI4, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-GDE / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Gallate


分子量: 170.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2024年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.3 Å / Num. obs: 50522 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 189644
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Num. measured all: 27802 / Num. unique obs: 7363 / CC1/2: 0.928 / Rpim(I) all: 0.168 / Rrim(I) all: 0.329 / Net I/σ(I) obs: 4.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.21.2-5419精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 8.198 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23359 2505 5 %RANDOM
Rwork0.18235 ---
obs0.18475 47996 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.758 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.61 Å20 Å21.35 Å2
2---11.4 Å2-0 Å2
3----11.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8288 0 94 333 8715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0138535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0178114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.63511531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4471.57918586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34620.948464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.91151386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8171576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6632.0874332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6632.0864331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5833.1255408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5833.1265409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7212.264203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7212.2614204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6393.3346124
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.87939.68536646
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.83439.67936511
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A78740.15
12E78740.15
21A79760.15
22I79760.15
31A79020.15
32M79020.15
41E79540.15
42I79540.15
51E78770.15
52M78770.15
61I79950.16
62M79950.16
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 201 -
Rwork0.248 3493 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29450.19930.02350.6246-0.23570.3766-0.06150.00350.0131-0.05820.01420.0115-0.0236-0.02750.04730.0173-0.0015-0.01230.0313-0.0050.039915.3341.43839.138
20.4941-0.27160.1380.37580.14860.28970.0052-0.0229-0.02790.05210.031-0.02610.0461-0.0082-0.03620.02380.0039-0.01360.0249-0.00050.03928.673-8.46761.975
30.5021-0.2752-0.00460.2936-0.14850.53280.0142-0.00580.03430.04530.01280.0105-0.041-0.0171-0.02710.0258-0.00590.01950.02280.00220.05072.217-21.50816.926
40.30740.4028-0.00370.62980.21330.6476-0.03190.0136-0.0539-0.0360.0394-0.0354-0.01380.0457-0.00750.0137-0.0140.01980.03530.0050.060515.84-31.279-6.067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 270
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 303
3X-RAY DIFFRACTION1E301
4X-RAY DIFFRACTION2E1 - 270
5X-RAY DIFFRACTION2A304
6X-RAY DIFFRACTION2E302
7X-RAY DIFFRACTION3I-1 - 270
8X-RAY DIFFRACTION3I401 - 402
9X-RAY DIFFRACTION3M301
10X-RAY DIFFRACTION4M-1 - 270
11X-RAY DIFFRACTION4I403
12X-RAY DIFFRACTION4M302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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