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- PDB-9jec: Cryo-EM structure of canine TNF-alpha complexed with nanobody TNF30K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jec
タイトルCryo-EM structure of canine TNF-alpha complexed with nanobody TNF30K
要素
  • Tumor necrosis factor
  • nanobody TNF30K
キーワードCYTOKINE / canine / TNF / nanobody / lymphokine
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFR1-induced proapoptotic signaling / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR1-mediated ceramide production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / TNF signaling / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus ...TNFR1-induced proapoptotic signaling / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR1-mediated ceramide production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / TNF signaling / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of amyloid-beta clearance / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of D-glucose import / embryonic digestive tract development / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of fever generation / positive regulation of synoviocyte proliferation / necroptotic signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of amyloid-beta formation / regulation of synapse organization / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of synaptic transmission / negative regulation of lipid catabolic process / phagocytic cup / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / extracellular matrix organization / antiviral innate immune response / regulation of insulin secretion / response to glucocorticoid / osteoclast differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of interleukin-8 production / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / recycling endosome / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to nicotine / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of type II interferon production / glucose metabolic process / positive regulation of protein phosphorylation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Weng, J. / Li, Z. / Xu, J. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000032 中国
Other governmentSKLBEE2022007
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of canine TNF-alpha complexed with nanobody TNF30K
著者: Weng, J. / Li, Z. / Xu, J. / Wei, Z.
履歴
登録2024年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
D: nanobody TNF30K
E: nanobody TNF30K
F: nanobody TNF30K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7616
ポリマ－100,7616
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 19123.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P51742
#2: 抗体 nanobody TNF30K


分子量: 14463.364 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexamer complex of canine TNF-alpha and nanobody TNF30K
タイプ: COMPLEX
詳細: a hexamer complex consist of one canine TNF-alpha trimer with three nanobody TNF30K molecules
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.01 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, pH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mmol/LDisodium hydrogen phosphateNa2HPO41
21.8 mmol/LPotassium dihydrogen phosphateKH2PO41
3137 mmol/Lsodium chlorideNaCl1
42.7 mmol/Lpotassium chlorideKCl1
試料濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was FPLC purified and monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 543326 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 104.38 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00556120
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63658313
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0468921
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00431068
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4566837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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