PDB-9je9: Crystal structure of a amidase that can hydrolase PU plastic

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9je9

タイトル

Crystal structure of a amidase that can hydrolase PU plastic

要素

Amidase

キーワード

HYDROLASE / PU plastic / hydrolyse / degradation

機能・相同性

: / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / endomembrane system / Amidase

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas sp. TPD3009 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Li, Z.S. / Fang, S.T. / Zheng, Z.R. / Xia, W. / Zhou, H.Y. / Li, W.S. / You, S. / Han, X. / Liu, W.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Discovery and Engineering of a Urethanase for Enhanced Depolymerization of Polyurethane
著者: Li, Z. / Fan, S. / Chen, Y. / Xia, W. / Zhou, H. / Zhou, X. / Qin, B. / Qin, H. / Dong, W. / Gu, Q. / Zhu, H. / Bornscheuer, U.T. / Wei, R. / Han, X. / Liu, W.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9je9.cif.gz	168.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9je9.ent.gz	130.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9je9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9je9_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9je9_full_validation.pdf.gz	475.7 KB	表示
XML形式データ	9je9_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	9je9_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9je9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9je9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Amidase

B: Amidase

98.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.820, 92.820, 135.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Amidase 分子量: 49188.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas sp. TPD3009 (バクテリア) 遺伝子: DC425_12480 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2T7VCT5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Li2SO4, HEPES, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→92.82 Å / Num. obs: 43518 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4625 / CC_1/2: 0.326 / Χ²: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.41→92.82 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2733	2054	4.73 %
R_work	0.2182	-	-
obs	0.2207	43415	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→92.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6199	0	0	100	6299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.437	8726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.463	898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	996
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	1167

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.41-2.5	0.3673	220	0.3372	4166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.6	0.3588	225	0.3131	4149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.72	0.3577	216	0.3046	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.86	0.308	210	0.2869	4175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.04	0.3295	190	0.268	4186	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.28	0.3079	203	0.2593	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.61	0.2972	185	0.239	4189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-4.13	0.3068	209	0.2225	3738	X-RAY DIFFRACTION	90
4.13-5.2	0.2109	202	0.1843	4207	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2-92.82	0.2429	194	0.1731	4221	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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