PDB-9je3: Structure of #2-911 Fab in complex with MEDI8852 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9je3

タイトル

Structure of #2-911 Fab in complex with MEDI8852 Fab

要素

#2-911 Fab heavy chain
#2-911 Fab light chain
(MEDI8852 Fab ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Anti-Idiotypic antibody / Broadly-neutralizing antibody / Complex

機能・相同性

trehalose / CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.374 Å

データ登録者

Itou, H. / Sano, K. / Ainai, A. / Suzuki, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Finding and mimicking a conserved structural motif hidden in influenza virus haemagglutinins using anti-idiotypic antibodies: A novel approach for universal vaccine antigen design.
著者: Itou, H. / Sano, K. / Ainai, A. / Otsuki, K. / Inoue, T. / Suzuki, T.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9je3.cif.gz	360.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9je3.ent.gz	277.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9je3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9je3_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9je3_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9je3_validation.xml.gz	72.9 KB	表示
CIF形式データ	9je3_validation.cif.gz	94.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9je3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9je3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qhrS 5jw3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

E: #2-911 Fab heavy chain

F: #2-911 Fab light chain

G: MEDI8852 Fab heavy chain

H: MEDI8852 Fab light chain

A: #2-911 Fab heavy chain

B: #2-911 Fab light chain

C: MEDI8852 Fab heavy chain

D: MEDI8852 Fab light chain

ヘテロ分子

189 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: #2-911 Fab heavy chain

F: #2-911 Fab light chain

G: MEDI8852 Fab heavy chain

H: MEDI8852 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
94.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: #2-911 Fab heavy chain

B: #2-911 Fab light chain

C: MEDI8852 Fab heavy chain

D: MEDI8852 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.283, 151.111, 176.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 4種, 8分子 EAFBGCHD

#1: 抗体	#2-911 Fab heavy chain 分子量: 23311.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	#2-911 Fab light chain 分子量: 23129.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	MEDI8852 Fab heavy chain 分子量: 24470.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	MEDI8852 Fab light chain 分子量: 22910.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 1種, 3分子

#5: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose

-
非ポリマー , 2種, 280分子

#6: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH5.5), 13% PEG3350, 1% Tacsimate, 10 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.374→48.43 Å / Num. obs: 91583 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 12.72
反射シェル	解像度: 2.374→2.459 Å / R_merge(I) obs: 0.469 / Num. unique obs: 8971 / CC_1/2: 0.748

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	v5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JW3,2QHR

5jw3

2qhr

解像度: 2.374→48.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 9.838 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2543	4705	5.137 %
R_work	0.2	86878	-
all	0.203	-	-
obs	-	91583	99.885 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.726 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.532 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.195 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.374→48.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13180	0	95	278	13553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	13616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.566	1.804	18595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.524	1.73	28481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.235	5	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.987	5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.467	10	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.801	10	508
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	11050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	6446
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	7291
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.15	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.333	5.214	6948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.325	5.215	6948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.814	9.356	8671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.815	9.357	8672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.985	5.593	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.975	5.593	6667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.98	10.056	9924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.98	10.056	9925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.741	62.568	53852
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.741	62.568	53853

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.374-2.435	0.427	342	0.366	6294	X-RAY DIFFRACTION	99.0596
2.435-2.502	0.366	318	0.329	6174	X-RAY DIFFRACTION	99.9538
2.502-2.574	0.325	325	0.286	6040	X-RAY DIFFRACTION	99.9372
2.574-2.653	0.31	336	0.265	5815	X-RAY DIFFRACTION	99.9837
2.653-2.74	0.308	288	0.245	5696	X-RAY DIFFRACTION	99.9666
2.74-2.836	0.265	297	0.223	5513	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
2.836-2.942	0.31	301	0.227	5280	X-RAY DIFFRACTION	99.9821
2.942-3.062	0.284	288	0.217	5089	X-RAY DIFFRACTION	99.9814
3.062-3.198	0.274	259	0.215	4919	X-RAY DIFFRACTION	99.9035
3.198-3.353	0.259	238	0.212	4717	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
3.353-3.533	0.273	241	0.211	4499	X-RAY DIFFRACTION	99.9578
3.533-3.746	0.257	236	0.204	4239	X-RAY DIFFRACTION	99.9777
3.746-4.003	0.249	222	0.174	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
4.003-4.322	0.18	200	0.151	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.322-4.73	0.174	180	0.124	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.282	0.204	177	0.142	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
5.282-6.088	0.233	148	0.171	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
6.088-7.427	0.245	143	0.186	2367	X-RAY DIFFRACTION	99.9602
7.427-10.382	0.212	108	0.172	1902	X-RAY DIFFRACTION	99.9006
10.382-48.43	0.287	58	0.246	1168	X-RAY DIFFRACTION	99.9185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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