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- PDB-9jdt: Crystal structure of reductase NaAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jdt
タイトルCrystal structure of reductase NaAD
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain alcohol dehydrogenase
機能・相同性oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
機能・相同性情報
生物種Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Tang, J. / Liuqing, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of reductase LSADH
著者: Tang, J. / Liuqing, C.
履歴
登録2024年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
D: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
E: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
F: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
G: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
H: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
I: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
J: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
K: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
L: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
M: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
N: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
O: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
P: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)444,86216
ポリマ－444,86216
非ポリマー00
水2,918162
1
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
D: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
E: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
G: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2164
ポリマ－111,2164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area33090 Å2
手法PISA
2
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
F: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
H: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2164
ポリマ－111,2164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12250 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
3
I: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
K: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
M: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
O: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2164
ポリマ－111,2164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
4
J: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
L: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
N: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
P: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2164
ポリマ－111,2164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area33210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.317, 121.768, 276.149
Angle α, β, γ (deg.)90, 93.4, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 27803.887 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア)
遺伝子: Saro_3543
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A4XEP2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: peg 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→110 Å / Num. obs: 54761 / % possible obs: 97.65 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 3.2644→3.5368 Å / Num. unique obs: 11191 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H5X

5h5x


解像度: 3.26→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 2804 5.1 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs-54761 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29605 0 0 162 29767
LS精密化 シェル解像度: 3.265→3.349 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 182 -
Rwork0.297 3642 -
obs--78.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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