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- PDB-9jdn: Crystal structure of alanyl-tRNA synthetase L219M mutant in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jdn
タイトルCrystal structure of alanyl-tRNA synthetase L219M mutant in complex with ATP and L-alanine
要素Alanine--tRNA ligase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / tRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CITRIC ACID / Alanine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylomonas sp. DH-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18006661821 Å
データ登録者Son, S.Y. / Cha, S.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Unlocking the serine mischarging paradox and inhibiting lactyltransferase activity of AlaRS by a single-point mutation
著者: Park, W. / Son, S.Y. / Yi, J. / Cha, S. / Moon, H. / Kim, M. / Ji, S. / Yu, W. / Sung, C. / Cha, S.S. / Hahn, J.S.
履歴
登録2024年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase
B: Alanine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,04814
ポリマ－97,4442
非ポリマー2,60512
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: electron density map
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.840, 56.570, 125.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.263, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALAchain 'A'AA1 - 691 - 69
12ASNASNARGARGchain 'A'AA74 - 42474 - 424
13ALAALAALAALAchain 'A'AD502
24METMETALAALA(chain 'B' and (resid 1 through 70 or resid 74 through 425 or resid 503))BB1 - 691 - 69
25ASNASNARGARG(chain 'B' and (resid 1 through 70 or resid 74 through 425 or resid 503))BB74 - 42474 - 424
26ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 1 through 70 or resid 74 through 425 or resid 503))BI502

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS


分子量: 48721.824 Da / 分子数: 2 / 変異: L219M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylomonas sp. DH-1 (バクテリア)
遺伝子: alaS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A172UEB3, alanine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 195分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 16% w/v PEG 3,350, 50 mM citric acid, 50 mM bis-tris propane pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 56385 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 31.830488449 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / Num. unique obs: 5623 / CC1/2: 0.139

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18006661821→29.89402391 Å / SU ML: 0.292488298225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3646614981 / 位相誤差: 25.2481395912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234203440402 2818 4.99849229296 %
Rwork0.201398437604 53559 -
obs0.203080894009 56377 99.0425494536 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.2512982481 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18006661821→29.89402391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6652 0 165 183 7000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007995186981086970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.021169095299450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567909240789994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00555749263911238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.18857152514096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1801-2.21760.3246818896221380.2753917283192622X-RAY DIFFRACTION98.2556069776
2.2176-2.2580.4303266966911430.3506012363862718X-RAY DIFFRACTION98.5871812543
2.258-2.30140.3749795960991360.2960356824272577X-RAY DIFFRACTION98.3327292497
2.3014-2.34830.2694112041871400.2519886435632651X-RAY DIFFRACTION98.4479717813
2.3483-2.39940.267285757021380.2308226739972626X-RAY DIFFRACTION98.9971346705
2.3994-2.45520.2881185242171420.2201969392642702X-RAY DIFFRACTION98.613037448
2.4552-2.51650.293046595291360.2247680912632587X-RAY DIFFRACTION98.8743645606
2.5165-2.58450.2713414667511390.2162790577292661X-RAY DIFFRACTION98.6610288936
2.5845-2.66050.2792429768221410.2202007035042667X-RAY DIFFRACTION98.6994727592
2.6605-2.74640.2641071563451400.2284032337982656X-RAY DIFFRACTION99.0435706695
2.7464-2.84440.3382888462381420.2262422542452705X-RAY DIFFRACTION99.2677824268
2.8444-2.95820.2428425889081400.2197300770432666X-RAY DIFFRACTION99.2571630704
2.9582-3.09270.259843954471400.2164665557322654X-RAY DIFFRACTION99.3245645219
3.0927-3.25560.2414823407451410.2286447201942680X-RAY DIFFRACTION99.1564147627
3.2556-3.45930.2483774200361430.2227023632742710X-RAY DIFFRACTION99.3730407524
3.4593-3.72590.2230367740261430.2006174579492717X-RAY DIFFRACTION99.4436717663
3.7259-4.10.2212306277141400.1761351530032667X-RAY DIFFRACTION99.5743171337
4.1-4.69140.162378464971440.1458660291232737X-RAY DIFFRACTION99.5507947478
4.6914-5.90310.1789746657961430.1556804658872724X-RAY DIFFRACTION99.8606757227
5.9031-29.894023910.1620312863641490.1575679914242832X-RAY DIFFRACTION99.5990644838

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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