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万見
- PDB-9jda: taurine transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jda
タイトルtaurine transporter
要素Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / taurine / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


taurine transmembrane transporter activity / alanine transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / taurine:sodium symporter activity / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / gamma-aminobutyric acid import / alanine transport / amino acid:sodium symporter activity / amino acid import across plasma membrane ...taurine transmembrane transporter activity / alanine transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / taurine:sodium symporter activity / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / gamma-aminobutyric acid import / alanine transport / amino acid:sodium symporter activity / amino acid import across plasma membrane / taurine transmembrane transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neurotransmitter transport / microvillus membrane / amino acid transport / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / cell projection / GABA-ergic synapse / positive regulation of cell differentiation / modulation of chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, taurine / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / DODECANE / N-OCTANE / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Yu, J. / Ge, J.P. / Zh, Y.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Dimerization and substrate recognition of human taurine transporter.
著者: Yimin Zhang / Jiahui Chen / Nanhao Chen / Haolin Xiong / Zhengjiang Zhu / Dongxue Yang / Jingpeng Ge / Jie Yu /
要旨: Taurine is a conditionally essential nutrient and one of the most abundant amino acids in humans, with diverse physiological functions. The cellular uptake of taurine is primarily mediated by the ...Taurine is a conditionally essential nutrient and one of the most abundant amino acids in humans, with diverse physiological functions. The cellular uptake of taurine is primarily mediated by the taurine transporter (TauT), and its dysfunction leads to retinal regeneration, cardiomyopathy, neurological and aging-associated disorders. Here we determine structures of TauT in two states: the apo inward-facing open state and the occluded state bound with substrate taurine or γ-aminobutyric acid (GABA). In addition to monomer, the structures also reveal a TauT dimer, where two cholesterol molecules act as "molecular glue", and close contacts of two TM5 from each protomer mediate the dimer interface. In combination with functional characterizations, our results elucidate the detailed mechanisms of substrate recognition, specificity and transport by TauT, providing a structural framework for understanding TauT function and exploring potential therapeutic strategies for taurine-deficiency-related disorders.
履歴
登録2024年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6299
ポリマ－69,8821
非ポリマー7488
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sodium- and chloride-dependent taurine transporter / Solute carrier family 6 member 6


分子量: 69881.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31641

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非ポリマー , 6種, 8分子

#2: 化合物 ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン


分子量: 125.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#4: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#5: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: tauT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Human Embryonic Kidney Cells 293
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178159 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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