PDB-9jd2: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jd2

タイトル

Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 353K

要素

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / MTAP / complex / phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 353K
著者: Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jd2.cif.gz	149.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jd2.ent.gz	96.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jd2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jd2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9jd2_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	9jd2_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/9jd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/9jd2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jhvC 1wtaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The protein was eluted near the molecular weight of the trimer when purified by gel filtration chromatography, so this protein appears to be a trimer.
93.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.048, 79.048, 233.48
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTA phosphorylase / MTAP 分子量: 30777.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first M and second F are missing in the uploaded structure because the electron density could not be observed. 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 遺伝子: mtnP, APE_1885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9YAQ8, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE 分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.172 %
結晶化	温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.4 詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir solution was as follows.15%(v/v)PEG#200,0.1 M phosphate citrate pH 5.4, 5 mM MTA

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.172 %

結晶化

温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.4
詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 353 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→39.52 Å / Num. obs: 36182 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.157 / Χ²: 0.85 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.87-39.52	8	0.03	25.8	259	0.999	0.015	0.033	0.3	97.4
1.62-1.65	10	2.545	1.1	1763	0.344	1.246	2.838	0.93	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WTA

1wta

解像度: 1.62→38.944 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 3.878 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1676	1820	5.03 %
R_work	0.1228	34362	-
all	0.125	-	-
obs	-	36182	99.953 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.651 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	-0.155 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→38.944 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	25	47	2214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.688	1.819	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.591	1.759	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.903	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.261	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.018	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.925	10	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.216	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.218	2.404	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.217	2.404	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.841	4.323	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.838	4.323	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.958	3.098	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.957	3.097	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.317	5.388	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.312	5.386	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	20.207	24.485	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	20.203	24.491	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.187	3	4361

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.62-1.662	0.322	131	0.289	2486	0.291	2617	0.935	0.944	100	0.283
1.662-1.707	0.305	138	0.271	2448	0.273	2586	0.928	0.954	100	0.262
1.707-1.757	0.317	122	0.256	2397	0.259	2519	0.938	0.96	100	0.243
1.757-1.811	0.259	120	0.209	2284	0.212	2404	0.959	0.974	100	0.193
1.811-1.87	0.213	113	0.17	2265	0.172	2378	0.973	0.982	100	0.149
1.87-1.936	0.178	130	0.13	2157	0.133	2287	0.982	0.989	100	0.109
1.936-2.008	0.143	113	0.118	2087	0.12	2201	0.988	0.992	99.9546	0.1
2.008-2.09	0.164	109	0.114	2027	0.116	2136	0.987	0.993	100	0.099
2.09-2.183	0.173	99	0.106	1936	0.109	2035	0.983	0.994	100	0.094
2.183-2.289	0.143	103	0.099	1848	0.101	1952	0.987	0.996	99.9488	0.09
2.289-2.412	0.141	93	0.095	1775	0.097	1868	0.988	0.996	100	0.089
2.412-2.558	0.184	79	0.098	1707	0.102	1787	0.982	0.995	99.944	0.092
2.558-2.734	0.149	69	0.112	1604	0.114	1675	0.987	0.992	99.8806	0.112
2.734-2.952	0.149	77	0.108	1454	0.11	1531	0.987	0.993	100	0.111
2.952-3.232	0.134	74	0.106	1378	0.107	1452	0.989	0.993	100	0.113
3.232-3.61	0.12	64	0.096	1255	0.097	1319	0.991	0.994	100	0.107
3.61-4.163	0.121	48	0.092	1118	0.093	1166	0.992	0.995	100	0.109
4.163-5.084	0.136	53	0.097	942	0.099	996	0.99	0.995	99.8996	0.123
5.084-7.129	0.204	54	0.127	743	0.132	797	0.983	0.993	100	0.16
7.129-38.944	0.177	31	0.149	451	0.151	488	0.984	0.986	98.7705	0.209

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)