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- PDB-9jcu: TDI01 binding WT ROCK2 KD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jcu
タイトルTDI01 binding WT ROCK2 KD
要素Rho-associated protein kinase 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / inhibitor / kinase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta ...positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of cell junction assembly / regulation of nervous system process / positive regulation of protein localization to early endosome / host-mediated perturbation of viral process / cellular response to testosterone stimulus / regulation of cellular response to hypoxia / embryonic morphogenesis / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell motility / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of establishment of endothelial barrier / response to angiotensin / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / aortic valve morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / tau-protein kinase activity / regulation of focal adhesion assembly / RHOB GTPase cycle / positive regulation of amyloid-beta formation / EPHA-mediated growth cone collapse / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / centrosome duplication / mitotic cytokinesis / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / endopeptidase activator activity / regulation of cell adhesion / Rho protein signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of endothelial cell migration / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of angiogenesis / response to ischemia / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of circadian rhythm / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / tau protein binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of protein phosphorylation / rhythmic process / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton organization / protease binding / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. ...: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Rho-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Yan, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82003102 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of one TDI01 compound complex with ROCK2 kinase domain
著者: Yan, H.
履歴
登録2024年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 2
B: Rho-associated protein kinase 2
C: Rho-associated protein kinase 2
D: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,6558
ポリマ－179,5534
非ポリマー2,1024
水00
1
A: Rho-associated protein kinase 2
B: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8274
ポリマ－89,7762
非ポリマー1,0512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area35870 Å2
手法PISA
2
C: Rho-associated protein kinase 2
D: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8274
ポリマ－89,7762
非ポリマー1,0512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area35330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.114, 144.409, 134.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質
Rho-associated protein kinase 2 / Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing ...Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing protein kinase II / ROCK-II / p164 ROCK-2


分子量: 44888.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK2, KIAA0619 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75116, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-A1EBC / [3,3-bis(fluoranyl)azetidin-1-yl]-[1-methyl-6-[4-[[4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]amino]furo[3,2-d]pyrimidin-2-yl]indol-2-yl]methanone


分子量: 525.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H21F2N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.2 / 詳細: PEG 300, potassium phosphate / PH範囲: 6.0-6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2 70 kV / 波長: 3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→43.89 Å / Num. obs: 56063 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 1.62 % / Biso Wilson estimate: 72.93 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.02→3.11 Å / Num. unique obs: 18 / CC1/2: 0.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→43.89 Å / SU ML: 0.3553 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.9088
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 2764 4.93 %
Rwork0.1837 53299 -
obs0.1856 56063 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→43.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12522 0 156 0 12678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.251517620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05181851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00672268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4764794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.02-3.070.3471190.32062163X-RAY DIFFRACTION80.75
3.07-3.130.37421420.27522623X-RAY DIFFRACTION98.47
3.13-3.190.35361020.2612649X-RAY DIFFRACTION98.25
3.19-3.250.30461360.25372620X-RAY DIFFRACTION98.36
3.25-3.320.32681460.24132637X-RAY DIFFRACTION98.44
3.32-3.40.31761230.23442644X-RAY DIFFRACTION98.68
3.4-3.480.27411500.22462642X-RAY DIFFRACTION99.08
3.48-3.580.29581600.21732643X-RAY DIFFRACTION99.26
3.58-3.680.2431300.19242696X-RAY DIFFRACTION99.61
3.68-3.80.20881180.1762693X-RAY DIFFRACTION99.4
3.8-3.940.1971790.17042649X-RAY DIFFRACTION99.82
3.89-4.180.17991450.17992884X-RAY DIFFRACTION99.02
3.94-4.10.22171400.16432680X-RAY DIFFRACTION99.51
4.1-4.280.20391470.15622667X-RAY DIFFRACTION99.72
4.28-4.510.19781630.14472682X-RAY DIFFRACTION99.82
4.51-4.790.16861500.14462699X-RAY DIFFRACTION99.93
4.79-5.160.17491430.15382727X-RAY DIFFRACTION99.9
5.16-5.680.19371080.1652758X-RAY DIFFRACTION100
5.68-6.50.19351110.17872772X-RAY DIFFRACTION99.65
6.5-8.180.21491520.17882771X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.557376709040.02751699090340.1104738313492.318148471.073433563972.1190602848-0.1025416464220.31099791288-0.189208808118-0.197607363794-0.1108073479350.0334164725978-0.0492664612049-0.1520548361310.2272761305380.365555693707-0.0279574866638-0.03251855569650.597448522222-0.1015510972590.486534419373163.4479995728.616905539310.2245387328
22.03560526848-0.103336041147-0.09847366365033.049936830382.249297468062.841728463870.03726647276850.05888302887270.113864182468-0.117594582282-0.102401957502-0.130730890409-0.0638931849081-0.4535184206820.05611112103270.424670425906-0.005026700426360.1094526369950.737735724791-0.1018288207150.502620412864165.773725218-26.5852116448-9.74091400178
33.038006288770.5318126297471.683775719310.8030072647090.4918563285052.27072409668-0.189689125129-0.1019367108010.103867611530.131714020279-0.0521046418743-0.00469327123119-0.147288401648-0.1857995910730.2292016562350.488115613935-0.00481670128327-0.03108818594270.32158958276-0.07239507333190.450770488339124.015809782-23.1226862853-76.3491311559
43.10433858550.8885131475571.98333840691.685988104410.5276883339312.85761492163-0.2478825887430.0851326339078-0.0947105151388-0.1476836842670.0302992162782-0.0198737799676-0.2873597334970.1509384492090.2032896829340.5435671419540.056135419093-0.05563549521850.2701183877280.02806097657220.464235221412177.641884603-11.1657538949-55.5714901121
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 27 - 417

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 27:417)AA1 - 389
22(chain B and resseq 27:417)BB1 - 389
33(chain C and resseq 27:417)CC1 - 389
44(chain D and resseq 27:417)DD1 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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