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- PDB-9jct: Cryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jct
タイトルCryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 2
要素Pannexin-3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP channel / Calcium channel / heptamer
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction hemi-channel activity / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / gap junction / monoatomic cation transport / calcium channel activity / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhang, H. / Zhang, H. / Wang, D.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900046 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82302764 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81972085 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172465 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 2
著者: Zhang, H. / Zhang, H. / Wang, D.
履歴
登録2024年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pannexin-3
B: Pannexin-3
C: Pannexin-3
D: Pannexin-3
E: Pannexin-3
F: Pannexin-3
G: Pannexin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,1407
ポリマ－313,1407
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "F"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "A"
d_7ens_1chain "G"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 2 - 377 / Label seq-ID: 2 - 377

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1FF
d_2BB
d_3CC
d_4DD
d_5EE
d_6AA
d_7GG

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.715607526323, 0.655260812725, -0.241948621769), (0.368289082297, 0.648273076941, 0.666412161934), (0.593522552335, 0.387782522839, -0.705234496356)176.803526305, -92.7136947595, 98.35477088
2given(-0.705251154768, 0.378570126775, 0.599420943755), (0.671743964883, 0.627152176133, 0.394259043796), (-0.226673453104, 0.680709047306, -0.696601994379)100.629831837, -94.7751427291, 170.050876727
3given(-0.10464098907, 0.085467925963, 0.990830710585), (0.645426954248, 0.763818605426, 0.0022770013314), (-0.756620320991, 0.63974711538, -0.135090037482)5.78969017499, -57.4888529942, 169.39453528
4given(0.669320207855, -0.141096951649, 0.729453295004), (0.336940230978, 0.932680439652, -0.128757439549), (-0.662179537667, 0.331962117908, 0.671803105209)-35.1595499327, -18.8833264651, 90.1805355035
5given(-0.0863135862367, 0.611819435056, -0.786274089436), (0.0294699497085, 0.790442023996, 0.611827531879), (0.995832057576, 0.029637570562, -0.0862561737851)170.617396539, -59.2681678017, 8.240186083
6given(0.648486386242, 0.359812037898, -0.670820918161), (-0.129662576666, 0.920570402822, 0.368426043678), (0.750102008443, -0.151938904932, 0.643631529757)90.3190780326, -20.8692297702, -33.9530235922

-
要素

#1: タンパク質
Pannexin-3


分子量: 44734.219 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANX3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QZ0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.31 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM2-Amino-2-hydroxymethyl-1,3-propanediolTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.02 %Glyco-diosgeninGDN1
試料濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63958 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 270.57 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003120692
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.934228077
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04373311
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00413416
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.89862702
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.8241997901E-10
ens_1d_3FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.17110459969E-13
ens_1d_4FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.57457596254E-11
ens_1d_5FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.16015177744E-12
ens_1d_6FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.38600904406E-13
ens_1d_7FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.64002500912E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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