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- PDB-9jcb: CalA-like lipase from Kalmanozyma brasiliensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jcb
タイトルCalA-like lipase from Kalmanozyma brasiliensis
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-Hydrolases
機能・相同性Secretory lipase / Lipase, secreted / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / extracellular region / Lipase
機能・相同性情報
生物種Kalmanozyma brasiliensis GHG001 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Xue, B. / Ling, L.H. / Jia, X. / Yew, W.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2025
タイトル: Sustainable Biosynthesis of Diverse Fatty Acid Esters of Hydroxy Fatty Acids (FAHFAs) for Industrial Production
著者: Ling, L.H. / Chua, E.T. / Xue, B. / Jia, X. / Chow, J.Y. / Yang, R.L. / Lim, Y.P. / Han, P. / Xie, H. / Tan, C.H. / Nguyen, G.K.T. / Yew, W.S.
履歴
登録2024年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
D: Lipase
E: Lipase
F: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,25612
ポリマ－284,9296
非ポリマー1,3276
水00
1
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,1286
ポリマ－142,4643
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area42090 Å2
手法PISA
2
D: Lipase
E: Lipase
F: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,1286
ポリマ－142,4643
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area42160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.372, 178.309, 105.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 28 - 451 / Label seq-ID: 16 - 439

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF

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要素

#1: タンパク質
Lipase


分子量: 47488.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kalmanozyma brasiliensis GHG001 (菌類)
遺伝子: PSEUBRA_SCAF1g00196 / プラスミド: pFAi2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: V5F2U3, triacylglycerol lipase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 % / Mosaicity: 0.31 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 15% MPD: 5% PEG 4,000: 100 mM Imidazole: pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→45.98 Å / Num. obs: 44108 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 89.12 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.378 / Rpim(I) all: 0.153 / Rrim(I) all: 0.408 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 312650 / Scaling rejects: 163
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.43-3.566.62.0952517438130.5150.8562.2670.781.2
12.84-45.986.30.05355238700.990.0240.05824.797.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.45 Å45.36 Å
Translation3.45 Å45.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.8データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.46→45.36 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 2340 5.36 %
Rwork0.1978 41344 -
obs0.2015 43684 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.94 Å2 / Biso mean: 86.129 Å2 / Biso min: 50.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.46→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19356 0 84 0 19440
Biso mean--108.5 --
残基数----2544
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A11950X-RAY DIFFRACTION8.117TORSIONAL
12B11950X-RAY DIFFRACTION8.117TORSIONAL
13C11950X-RAY DIFFRACTION8.117TORSIONAL
14D11950X-RAY DIFFRACTION8.117TORSIONAL
15E11950X-RAY DIFFRACTION8.117TORSIONAL
16F11950X-RAY DIFFRACTION8.117TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.46-3.530.4111230.35832178230189
3.53-3.60.33981050.320724682573100
3.6-3.690.3421910.297223792570100
3.69-3.780.31821490.259824402589100
3.78-3.880.32921120.253924552567100
3.88-40.28011210.247724512572100
4-4.120.32131030.244924832586100
4.12-4.270.39451640.21623962560100
4.27-4.440.25061430.199924562599100
4.44-4.640.26041680.186423992567100
4.65-4.890.2091310.168124512582100
4.89-5.20.25341670.174124342601100
5.2-5.60.25631440.180324402584100
5.6-6.160.27851230.17724732596100
6.16-7.050.2451050.161424922597100
7.05-8.870.21711290.133124822611100
8.87-45.360.1891620.152124672629100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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