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- PDB-9jc7: Crystal structure of alanyl-tRNA synthetase in complex with ATP a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jc7
タイトルCrystal structure of alanyl-tRNA synthetase in complex with ATP and L-alanine
要素Alanine--tRNA ligase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / tRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CITRIC ACID / FORMIC ACID / D-MALATE / Alanine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylomonas sp. DH-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9000034846 Å
データ登録者Son, S.Y. / Cha, S.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Unlocking the serine mischarging paradox and inhibiting lactyltransferase activity of AlaRS by a single-point mutation.
著者: Park, W. / Son, S.Y. / Yi, J. / Cha, S. / Moon, H. / Kim, M. / Ji, S. / Yu, W. / Sung, C. / Cha, S.S. / Hahn, J.S.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase
B: Alanine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,99526
ポリマ－97,4082
非ポリマー2,58824
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area34460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.230, 55.590, 125.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.072, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETARGARGchain 'A'AA1 - 4241 - 424
12ALAALAALAALAchain 'A'AD502
23METMETARGARGchain 'B'BB1 - 4241 - 424
24ALAALAALAALAchain 'B'BO502

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS


分子量: 48703.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylomonas sp. DH-1 (バクテリア)
株: DH-1 / 遺伝子: alaS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A172UEB3, alanine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 7種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 16% PEG 3350, 2% v/v TacsimateTM pH5.0, 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 83655 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 27.9556578494 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.9679 Å / Num. unique obs: 8302 / Rsym value: 0.102

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9000034846→29.8003420696 Å / SU ML: 0.216650514255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34763284735 / 位相誤差: 22.4304858835
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.230276062234 1998 2.38886630479 %
Rwork0.199571653002 81640 -
obs0.200286693166 83638 99.9211507216 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.1820074522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9000034846→29.8003420696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6694 0 165 196 7055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007720092868577001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9433867564389456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563125177729996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005735785613091245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.85137415754107
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9000034846-1.94750.3072034597821400.2897577422255765X-RAY DIFFRACTION99.780331193
1.9475-2.00020.3064170972151430.2739213496375828X-RAY DIFFRACTION99.9497823904
2.0002-2.0590.2785414994611430.2608137074045818X-RAY DIFFRACTION99.9664598357
2.059-2.12540.2758818816771410.2410762631075785X-RAY DIFFRACTION99.9325463744
2.1254-2.20140.2530130030761410.2274931912675758X-RAY DIFFRACTION99.949169773
2.2014-2.28950.2775248852311430.2205260196635811X-RAY DIFFRACTION99.932863377
2.2895-2.39360.2289098100821410.20766922735805X-RAY DIFFRACTION99.9831847991
2.3936-2.51980.2308951126331440.2063892304715840X-RAY DIFFRACTION99.8498247956
2.5198-2.67760.2168545745771420.2013481925855801X-RAY DIFFRACTION99.8152502519
2.6776-2.88410.2568036316541420.2071468150655821X-RAY DIFFRACTION99.9162198391
2.8841-3.17410.2110868022521430.2017280308815822X-RAY DIFFRACTION99.9329871
3.1741-3.63270.2265403078621430.2005039667485846X-RAY DIFFRACTION99.9666165916
3.6327-4.57410.2346063163211440.17142772425922X-RAY DIFFRACTION99.9670402109
4.5741-29.800034206960.1767049155551480.1657452762976018X-RAY DIFFRACTION99.951369752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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