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- PDB-9jbq: Structure of the complex between h1F3 Fab and PcrV fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jbq
タイトルStructure of the complex between h1F3 Fab and PcrV fragment
要素
  • Heavy chain
  • PcrV
  • light chain
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Complex / Fab / ANTIMICROBIAL PROTEIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Low calcium response V antigen / Virulence-associated V antigen superfamily / V antigen (LcrV) protein / extracellular region / PcrV
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Numata, S. / Hara, T. / Izawa, M. / Okuno, Y. / Sato, Y. / Yamane, S. / Maki, H. / Sato, T. / Yamano, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2024
タイトル: Novel humanized anti-PcrV monoclonal antibody COT-143 protects mice from lethal Pseudomonas aeruginosa infection via inhibition of toxin translocation by the type III secretion system.
著者: Numata, S. / Hara, T. / Izawa, M. / Okuno, Y. / Sato, Y. / Yamane, S. / Maki, H. / Sato, T. / Yamano, Y.
履歴
登録2024年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain
B: light chain
C: PcrV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6473
ポリマ－62,6473
非ポリマー00
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.680, 52.005, 69.964
Angle α, β, γ (deg.)99.02, 104.61, 115.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Heavy chain


分子量: 24621.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 light chain


分子量: 23446.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 PcrV / Virulence-associated V antigen


分子量: 14579.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: pcrV, lcrV, CAZ10_30180, NCTC13621_01744, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_06389
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30527
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.125 M Calcium chloride dehydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH5.6, 24%w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月13日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33570 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.404 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 125724
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.033.70.32215790.843190.9
2.03-2.073.70.31216470.909193
2.07-2.113.80.26116070.929192
2.11-2.153.70.24516451.009192.4
2.15-2.23.70.21316561.064193.5
2.2-2.253.70.19516631.047192.9
2.25-2.313.70.17816391.119194.2
2.31-2.373.70.1616741.127193.6
2.37-2.443.70.15916651.224194.4
2.44-2.523.70.1416601.27194.4
2.52-2.613.70.12417181.303195
2.61-2.713.80.11316631.399195.3
2.71-2.843.80.09716751.496195.4
2.84-2.993.80.08716991.693195.7
2.99-3.173.80.07617471.735196.6
3.17-3.423.80.06317021.874196.8
3.42-3.763.80.05317152.098197.4
3.76-4.313.80.04617422.074197.8
4.31-5.433.80.0417351.971198.5
5.43-103.70.03417391.675198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2→23.499 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1697 5.06 %
Rwork0.1694 --
obs0.1718 33563 94.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4261 0 0 309 4570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1365927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8791562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05850.26581490.192413X-RAY DIFFRACTION88
2.0585-2.12490.25871310.18072606X-RAY DIFFRACTION92
2.1249-2.20080.24181310.18252615X-RAY DIFFRACTION94
2.2008-2.28890.22561530.18112607X-RAY DIFFRACTION93
2.2889-2.39290.26871290.18012639X-RAY DIFFRACTION94
2.3929-2.5190.24361220.19012671X-RAY DIFFRACTION94
2.519-2.67660.25911450.18552688X-RAY DIFFRACTION95
2.6766-2.88290.23581510.18212684X-RAY DIFFRACTION95
2.8829-3.17240.20541550.17672704X-RAY DIFFRACTION96
3.1724-3.630.19281500.15972692X-RAY DIFFRACTION97
3.63-4.56790.19041380.14532759X-RAY DIFFRACTION98
4.5679-100.18341430.16192788X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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