PDB-9jav: Crystal structure of NAD-dependent methanol dehydrogenase 2 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jav

タイトル

Crystal structure of NAD-dependent methanol dehydrogenase 2 from Bacillus methanolicus MGA3 in complex with NAD+

要素

NAD-dependent methanol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / methanol dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

methanol dehydrogenase / methanol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus methanolicus MGA3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kong, X.D. / Ma, B.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of NAD-dependent methanol dehydrogenase 2 from Bacillus methanolicus MGA3 in complex with NAD+
著者: Kong, X.D. / Ma, B.D.

履歴

登録	2024年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jav.cif.gz	732.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jav.ent.gz	602 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jav_validation.pdf.gz	6.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jav_full_validation.pdf.gz	6.4 MB	表示
XML形式データ	9jav_validation.xml.gz	166.8 KB	表示
CIF形式データ	9jav_validation.cif.gz	214.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/9jav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/9jav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent methanol dehydrogenase

B: NAD-dependent methanol dehydrogenase

C: NAD-dependent methanol dehydrogenase

D: NAD-dependent methanol dehydrogenase

E: NAD-dependent methanol dehydrogenase

F: NAD-dependent methanol dehydrogenase

G: NAD-dependent methanol dehydrogenase

H: NAD-dependent methanol dehydrogenase

I: NAD-dependent methanol dehydrogenase

J: NAD-dependent methanol dehydrogenase

ヘテロ分子

425 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.520, 204.100, 258.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD-dependent methanol dehydrogenase 分子量: 41811.809 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus methanolicus MGA3 (バクテリア) 遺伝子: mdh2, BMMGA3_03335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3E2P9, methanol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium formate, 0.1 M Bis Tris propane, pH 6.5, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→59.92 Å / Num. obs: 136361 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.242 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.252 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.85 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 1.199 / Num. measured all: 74063 / Num. unique obs: 5238 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.329 / R_rim(I) all: 1.244 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→59.92 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	6815	5 %
R_work	0.1754	-	-
obs	0.1786	136211	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→59.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28470	0	434	1133	30037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	29382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	39904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.324	11118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	4730
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	5116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.3173	253	0.249	4244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.66	0.3247	226	0.2373	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.69	0.3304	211	0.246	4335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.73	0.3167	194	0.2381	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.76	0.3006	215	0.2282	4317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.3217	226	0.2209	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.84	0.3081	219	0.2285	4253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.88	0.2897	250	0.2293	4287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.93	0.2963	220	0.2217	4238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.98	0.3155	232	0.2354	4304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.03	0.3227	200	0.2258	4246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.08	0.3224	236	0.2173	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.14	0.2933	230	0.2092	4255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.21	0.3032	218	0.2049	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.28	0.2887	207	0.2041	4253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.35	0.2653	226	0.207	4335	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.44	0.2853	234	0.2101	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.53	0.2993	217	0.2047	4323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.63	0.2698	234	0.192	4318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.75	0.2738	215	0.187	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.88	0.2566	208	0.175	4314	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.04	0.2222	219	0.1572	4349	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.22	0.175	225	0.1396	4323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.45	0.181	243	0.1322	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.72	0.1862	230	0.131	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-5.09	0.1942	239	0.1345	4343	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.6	0.2193	232	0.1483	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-6.41	0.1866	233	0.1518	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
6.41-8.07	0.1867	282	0.1347	4392	X-RAY DIFFRACTION	100
8.07-59.92	0.179	241	0.1394	4595	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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