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- PDB-9jag: GMPK in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jag
タイトルGMPK in complex with ADP
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE / guanylate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


dATP metabolic process / dGDP biosynthetic process / GDP biosynthetic process / GDP-mannose metabolic process / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / dGMP metabolic process / glycoprotein transport / GMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion ...dATP metabolic process / dGDP biosynthetic process / GDP biosynthetic process / GDP-mannose metabolic process / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / dGMP metabolic process / glycoprotein transport / GMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Azathioprine ADME / photoreceptor inner segment / xenobiotic metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, L. / Ruan, K.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22377119 中国
Other privateYD9100002028 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Comprehensive profiling of the catalytic conformations of human Guanylate kinase.
著者: Wang, L. / Li, Z. / Xuan, Y. / Qin, J. / Li, S. / Zhong, F. / Song, Y. / Yang, K. / Lv, M. / Li, F. / Jiahai, Z. / Pan, Y. / Guang, S. / Zhao, Y. / Shi, Y. / Liu, X. / Du, Y. / Gao, J. / Ruan, K.
履歴
登録2024年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9759
ポリマ－21,8921
非ポリマー1,0848
水1,910106
1
A: Guanylate kinase
ヘテロ分子

A: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,95118
ポリマ－43,7832
非ポリマー2,16816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.632, 56.818, 60.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

HOH

21A-388-

HOH

31A-405-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Guanylate kinase / GMP kinase / Guanylate kinase 1


分子量: 21891.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUK1, GMK, GMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16774, guanylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5% isopropanol, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35.14 Å / Num. obs: 14447 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 96160
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Num. measured all: 4424 / Num. unique obs: 780 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.25 / Rrim(I) all: 0.599 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9J8L

9j8l


解像度: 1.9→35.14 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 675 4.67 %
Rwork0.1842 --
obs0.1857 14444 96.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 66 106 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6152148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.347232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.050.31561270.24762540X-RAY DIFFRACTION90
2.05-2.250.25741390.19672763X-RAY DIFFRACTION97
2.25-2.580.24491460.1922776X-RAY DIFFRACTION98
2.58-3.250.21361260.18542800X-RAY DIFFRACTION98
3.25-35.140.18521370.16762890X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.171-0.59032.75310.9909-0.42112.34630.25880.3798-0.5336-0.2646-0.1770.04960.19780.0112-0.06580.22840.02820.020.1948-0.04160.242215.3253-3.851114.5214
24.41420.39123.17995.91823.34114.87040.33780.10.4541-0.1417-0.2113-0.1823-0.8027-0.2146-0.18720.50430.00760.15610.3603-0.01020.243721.28331.0946-7.7082
32.3489-0.5017-1.00736.4123.2636.6075-0.10160.5423-0.1939-0.4317-0.17240.3692-0.2348-0.69670.23710.14090.0219-0.02570.2844-0.02730.23744.17713.78098.4874
43.19-0.49290.61745.0288-0.27196.2416-0.0420.28210.0376-0.2141-0.063-0.04060.02480.00910.09850.11040.03950.01980.1611-0.01050.173112.22595.460612.8376
54.53131.2112-0.74557.94311.94634.31390.07110.20.1741-0.09150.0395-0.0446-0.20680.2057-0.06750.11220.02270.01230.16080.02810.108429.9696-4.11322.9041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 79 through 126 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 160 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 195 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 0 through 36 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 37 through 78 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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