PDB-9jae: GMPK(S37P mutant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jae

タイトル

GMPK(S37P mutant)

要素

Guanylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / guanylate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

dATP metabolic process / dGDP biosynthetic process / GDP biosynthetic process / GDP-mannose metabolic process / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / dGMP metabolic process / glycoprotein transport / GMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wang, L. / Ruan, K.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Comprehensive profiling of the catalytic conformations of human Guanylate kinase.
著者: Wang, L. / Li, Z. / Xuan, Y. / Qin, J. / Li, S. / Zhong, F. / Song, Y. / Yang, K. / Lv, M. / Li, F. / Jiahai, Z. / Pan, Y. / Guang, S. / Zhao, Y. / Shi, Y. / Liu, X. / Du, Y. / Gao, J. / Ruan, K.

履歴

登録	2024年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jae.cif.gz	297.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jae.ent.gz	243.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jae_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jae_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	9jae_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	9jae_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/9jae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/9jae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j8lSC 9jabC 9jacC 9jadC 9jafC 9jagC 9jahC 9jaiC 9jajC 9lo3C 9lo6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanylate kinase

B: Guanylate kinase

C: Guanylate kinase

D: Guanylate kinase

87.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Guanylate kinase

C: Guanylate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Guanylate kinase

D: Guanylate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.777, 87.750, 198.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Guanylate kinase / GMP kinase / Guanylate kinase 1 分子量: 21901.768 Da / 分子数: 4 / 変異: S37P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUK1, GMK, GMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16774, guanylate kinase
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Ammonium Tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→33.14 Å / Num. obs: 14767 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.194 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 63422
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Num. measured all: 10308 / Num. unique obs: 2369 / CC_1/2: 0.834 / R_pim(I) all: 0.279 / R_rim(I) all: 0.595 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9J8L

9j8l

解像度: 3→32.87 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2821	715	4.85 %
R_work	0.2334	-	-
obs	0.2358	14748	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→32.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5776	0	0	0	5776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5868
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.425	7973
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.477	829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	928
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1066

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.23	0.3764	121	0.3077	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.56	0.3217	159	0.2645	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-4.07	0.2995	166	0.2277	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-5.12	0.2429	152	0.2097	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
5.13-32.87	0.233	117	0.2091	2936	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5762	0.4835	-0.0017	0.4878	0.2075	0.6856	-0.1026	-0.2542	0.0545	0.1647	-0.0073	-0.1708	0.1057	-0.1453	0.0226	0.141	-0.1965	-0.0628	0.0559	0.1315	1.2759	46.965	0.5646	24.4804
2	0.3925	-0.2558	0.3869	0.7015	0.1841	1.6984	0.0719	-0.0901	-0.4153	-0.0423	-0.1564	0.1775	0.1815	-0.108	0.0975	0.1811	-0.0656	-0.0265	0.3057	-0.0324	0.6374	39.4631	-2.8002	19.8207
3	1.3272	-0.1988	0.3256	0.6388	0.4212	1.5435	-0.1869	0.1333	-0.0511	-0.1067	0.146	0.3656	0.2856	-0.1151	0.0304	0.3936	-0.0955	0.0148	0.1939	-0.0506	0.8783	39.5057	-10.6774	10.6495
4	1.7332	0.3243	-0.9089	0.1083	-0.4166	2.5048	-0.0246	-0.0683	-0.0545	0.1393	-0.0162	-0.0928	-0.0027	-0.0669	-0.0014	0.1322	-0.0202	-0.0337	0.1952	-0.0111	0.8586	19.1658	15.34	16.8294
5	3.0275	3.3132	1.2055	3.6795	1.0522	1.5181	0.0319	0.0235	1.303	0.274	-0.3718	1.1314	-0.3772	0.0775	0.2907	0.3497	-0.0234	-0.0282	0.4566	0.0545	1.0471	35.0155	33.3096	8.9697
6	1.8999	-1.372	0.9786	2.1194	-0.2656	0.7031	-0.0259	0.2923	0.403	-0.3911	-0.043	-0.5595	0.0994	0.0857	-0.0224	0.0761	-0.1188	0.0887	0.3117	-0.0253	0.0915	24.7686	19.1514	-1.7236
7	2.2405	-0.7013	2.2454	2.0893	1.0489	4.1656	-0.1673	-0.3229	0.0785	0.2824	0.6791	-0.0909	0.3134	0.4057	-0.3107	0.2797	-0.078	-0.0098	0.3416	-0.1689	0.3116	23.9838	-23.6612	43.382
8	1.0288	0.8265	0.4472	3.7433	2.3202	2.1327	0.0337	-0.0376	0.0331	0.0168	-0.2374	0.4795	-0.456	0.1948	0.0907	0.397	-0.1798	-0.1259	0.2549	0.1615	0.8289	14.8023	-24.2244	27.6989
9	3.1822	2.9109	-1.1115	2.6776	-1.1895	3.1292	-0.3072	0.215	-0.8125	-0.4189	0.0636	0.2026	-0.1887	0.0023	0.2127	0.4182	-0.0948	-0.0682	0.3182	-0.0937	0.9489	30.5995	-8.0295	40.4452
10	3.2674	0.6838	0.9661	6.4119	0.2173	3.3706	0.2924	-0.2732	0.6643	0.6952	-0.4534	0.5096	0.3651	0.0405	0.183	0.3206	-0.0778	0.0584	0.3177	-0.062	0.4649	21.1718	-18.9458	51.5073
11	1.015	0.5058	-1.4294	0.8511	-0.3263	2.6224	-0.1193	0.0983	-0.2816	-0.0096	0.0623	-0.043	0.4621	-0.2811	0.046	0.2782	-0.0706	0	0.2385	-0.0173	0.7344	1.2341	0.4768	27.2798
12	0.7655	1.4122	2.1138	2.8608	3.2088	7.7812	-1.0136	0.0453	0.125	0.1269	-0.7914	0.9143	-0.8079	-1.4345	1.7482	0.5676	0.1051	0.0322	0.6254	-0.1148	1.3498	-24.6826	-12.5963	29.6872
13	4.6946	0.5058	5.0177	0.2453	0.9289	7.7655	-0.499	0.3523	0.3098	0.0931	-0.2612	0.1945	-0.1664	0.0843	0.6282	0.2943	-0.2368	-0.0505	0.4263	0.1235	1.0054	-14.1559	-17.0045	31.5362
14	0.6445	-0.9027	-0.065	3.3499	0.9755	1.9551	-0.1337	-0.2884	-0.1361	0.6	-0.4016	-0.0181	0.077	-0.105	0.4342	0.392	-0.1148	-0.0869	0.3697	0.1241	0.9919	-8.9451	1.5917	43.2235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 3 through 67 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 68 through 142 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 143 through 196 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 159 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 160 through 196 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 38 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 39 through 113 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 114 through 161 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 162 through 196 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3 through 127 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 128 through 143 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 144 through 161 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 162 through 195 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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