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万見
- PDB-9jab: Transition State Mimic(GMPK in complex with ADP, GMP , Mg2+, K+ a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jab
タイトルTransition State Mimic(GMPK in complex with ADP, GMP , Mg2+, K+ and AlF4-)
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE / guanylate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


dATP metabolic process / dGDP biosynthetic process / GDP biosynthetic process / GDP-mannose metabolic process / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / dGMP metabolic process / glycoprotein transport / GMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion ...dATP metabolic process / dGDP biosynthetic process / GDP biosynthetic process / GDP-mannose metabolic process / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / dGMP metabolic process / glycoprotein transport / GMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Azathioprine ADME / photoreceptor inner segment / xenobiotic metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / : / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wang, L. / Ruan, K.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22377119 中国
Other privateYD9100002028 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Comprehensive profiling of the catalytic conformations of human Guanylate kinase.
著者: Wang, L. / Li, Z. / Xuan, Y. / Qin, J. / Li, S. / Zhong, F. / Song, Y. / Yang, K. / Lv, M. / Li, F. / Jiahai, Z. / Pan, Y. / Guang, S. / Zhao, Y. / Shi, Y. / Liu, X. / Du, Y. / Gao, J. / Ruan, K.
履歴
登録2024年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
B: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,69712
ポリマ－43,7832
非ポリマー1,91410
水1086
1
A: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8496
ポリマ－21,8921
非ポリマー9575
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8496
ポリマ－21,8921
非ポリマー9575
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.632, 44.202, 66.695
Angle α, β, γ (deg.)72.73, 85.35, 78.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Guanylate kinase / GMP kinase / Guanylate kinase 1


分子量: 21891.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUK1, GMK, GMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16774, guanylate kinase

-
非ポリマー , 6種, 16分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 35% PEG4000, 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M trisodium citrate, pH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40.52 Å / Num. obs: 9129 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.57 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 18505
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Num. measured all: 2662 / Num. unique obs: 1310 / CC1/2: 0.904 / Rpim(I) all: 0.235 / Rrim(I) all: 0.359 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LVG

1lvg


解像度: 2.75→40.52 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 32.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 484 5.31 %
Rwork0.2268 --
obs0.2296 9120 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→40.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 0 116 6 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6154173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.391125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-3.150.3461630.2752870X-RAY DIFFRACTION98
3.15-3.960.27391540.24192866X-RAY DIFFRACTION97
3.97-40.520.2561670.20092900X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33250.2384-0.18812.3950.16341.7116-0.08480.31610.0393-0.37060.13120.0672-0.06980.2061-0.0340.4898-0.1264-0.0130.55040.00220.3023.73578.692315.1565
23.57231.54040.3762.99910.73053.23130.1748-0.40960.17080.2305-0.1760.2014-0.067-0.2119-0.01970.25150.0755-0.0090.3209-0.0160.2744-2.8531-8.765-15.4779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 194)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 194)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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