PDB-9j9p: artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 3 (M3:Zn)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j9p

タイトル

artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 3 (M3:Zn)

要素

Outer membrane porin F

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / artificial metalloprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.47 Å

データ登録者

Jeong, W.J. / Song, W.J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Metal-Installer: A protein designer tool to create metal-binding sites
著者: Jeong, W.J. / Song, W.J.

履歴

登録	2024年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j9p.cif.gz	78.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j9p.ent.gz	57.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/9j9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/9j9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j9lC 9j9mC 9j9nC 9j9oC 9j9qC 9j9rC 9j9sC 9j9tC 9j9uC 9j9vC 9ja4C 9kynC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane porin F

ヘテロ分子

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer membrane porin F

ヘテロ分子

A: Outer membrane porin F

ヘテロ分子

A: Outer membrane porin F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.572, 136.572, 49.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Outer membrane porin F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane ...Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane protein IA / Porin OmpF 分子量: 37140.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.3 M MgCl2, MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.47→30 Å / Num. obs: 6986 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.937 / R_merge(I) obs: 0.34 / R_rim(I) all: 0.31 / Net I/σ(I): 2.93

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
3.47-3.68	1.563	491	0.836	0.836	1
3.68-3.93	1.097	497	0.614	0.696	1
3.93-4.24	0.692	467	0.682	0.91	1
4.24-4.64	0.393	444	0.87	0.516	1
4.64-5.17	0.279	394	0.927	0.364	1
5.17-5.94	0.33	345	0.909	0.431	1
5.94-7.2	0.253	275	0.899	0.332	1
7.2-9.89	0.114	212	0.97	0.146	1
9.89-30	0.044	124	0.997	0.057	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.47→29.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 34.668 / SU ML: 0.507 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.592 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26588	350	5 %	RANDOM
R_work	0.21417	-	-	-
obs	0.21673	6635	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.201 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.64 Å²	-1.82 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.47→29.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2605	0	1	1	2607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.011	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.918	1.79	3605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.337	1.752	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.534	5	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.339	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.376	10	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.084	8.184	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.084	8.184	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.261	14.699	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.26	14.699	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.969	8.545	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.967	8.544	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.254	15.557	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.553	100.09	10963
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.553	100.09	10964
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.474→3.563 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	24	-
R_work	0.326	446	-
obs	-	-	90.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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