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万見
- PDB-9j9m: artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j9m
タイトルartificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn)
要素Outer membrane porin F
キーワードMEMBRANE PROTEIN / artificial metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Jeong, W.J. / Song, W.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other private2019R1C1C1003863 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Metal-Installer: A protein designer tool to create metal-binding sites
著者: Jeong, W.J. / Song, W.J.
履歴
登録2024年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane porin F
B: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1664
ポリマ－74,0562
非ポリマー1102
水3,855214
1
A: Outer membrane porin F
ヘテロ分子

A: Outer membrane porin F
ヘテロ分子

A: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2496
ポリマ－111,0843
非ポリマー1653
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area40440 Å2
手法PISA
2
B: Outer membrane porin F
ヘテロ分子

B: Outer membrane porin F
ヘテロ分子

B: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2496
ポリマ－111,0843
非ポリマー1653
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area40650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.810, 136.810, 50.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane porin F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane ...Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane protein IA / Porin OmpF


分子量: 37028.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→30 Å / Num. obs: 46903 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.29-2.430.36268290.7980.5121
2.43-2.60.21165990.9080.2981
2.6-2.80.13459290.9630.191
2.8-3.070.07855260.9850.1111
3.07-3.430.04647440.9940.0651
3.43-3.950.03441330.9950.0481
3.95-4.810.03232510.9950.0451
4.81-6.720.03224460.9940.0461
6.72-300.02712400.9970.0381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.301 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22099 2345 5 %RANDOM
Rwork0.18156 ---
obs0.18353 44553 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å2-0.63 Å20 Å2
2---1.26 Å2-0 Å2
3---4.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.29→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5218 0 2 214 5434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.797212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5551.75410768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9665674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.562518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29910786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9474.0412708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9454.0412708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4227.2473378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4237.2473379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8924.5582622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8924.5572623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4848.1243835
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.4450.0122493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.4485022377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.293→2.352 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 171 -
Rwork0.25 3248 -
obs--97.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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