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- PDB-9j9h: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j9h
タイトルHigh-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to RACK1 and E-tRNA
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 27
  • (60S ribosomal protein ...) x 36
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 4
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Receptor for activated c kinase
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / cryo-EM / Plasmodium falciparum
機能・相同性
機能・相同性情報


RMTs methylate histone arginines / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs ...RMTs methylate histone arginines / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Aggrephagy / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / protein neddylation / negative regulation of translational frameshifting / regulation of proteolysis / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / chloroplast / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / kinase activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site ...Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S11 / Ribosomal protein L15 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S11 / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / Large ribosomal subunit protein eL43 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein eS12 / 60S ribosomal protein L7, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L32 / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L31 / 40S ribosomal protein S17, putative / 60S ribosomal protein L36 / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Receptor for activated c kinase / 40S ribosomal protein S5, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 60S ribosomal protein L11a, putative / 60S ribosomal protein L34 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S21 / 60S ribosomal protein L35ae, putative / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L38 / 40S ribosomal protein S18, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L30e, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S28e, putative / 60S ribosomal protein L27 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L21 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L5, putative / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L10, putative / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S27a, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Yan, X.F. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE-T2EP30122-0019 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)RG108/20 シンガポール
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Antimalarial drug artemisinin stabilizes PfRACK1 binding to the ribosome.
著者: Ka Diam Go / Xin-Fu Yan / Grennady Wirjanata / Rya Ero / Samuel Pazicky / Jerzy Dziekan / Seth Tjia / Julien Lescar / Zbynek Bozdech / Yong-Gui Gao /
要旨: Artemisinin and its derivatives represent the core agents in artemisinin combination therapies that are the current frontline treatment for P. falciparum and P. vivax malaria infections. Artemisinins ...Artemisinin and its derivatives represent the core agents in artemisinin combination therapies that are the current frontline treatment for P. falciparum and P. vivax malaria infections. Artemisinins are known to bind a wide array of proteins that disrupt the parasite's cellular physiology. Here, we show that artemisinins' cytotoxic activity involves structural alteration of key P. falciparum macromolecular complexes, including the ribosome, proteasome, and T-complex. The structural analysis revealed that, following artemisinin treatment, a larger population of Pf80S ribosomes binds PfRACK1. Unlike in most eukaryotes, PfRACK1 does not interact with the C-terminal tail of the r-protein uS3 that in Plasmodium is truncated. This likely suggests an evolved role of uS3 in facilitating RACK1-mediated translational regulation, which would potentially benefit the parasite under certain conditions. Stabilization of RACK1 ribosome interaction likely contributes to artemisinins' mode of action.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 28S ribosomal RNA
0: 60S ribosomal protein L24, putative
q: 40S ribosomal protein S6
AQ: tRNA
B: 5S ribosomal RNA
1: 60S ribosomal protein L27
r: 40S ribosomal protein S5, putative
AR: Receptor for activated c kinase
C: 5.8S ribosomal RNA
2: 60S ribosomal protein L28
s: 40S ribosomal protein S7
D: 60S ribosomal protein L2
3: 60S ribosomal protein L35, putative
t: 40S ribosomal protein S15A, putative
E: 60S ribosomal protein L3
4: 60S ribosomal protein L29
u: 40S ribosomal protein S8
F: 60S ribosomal protein L4
5: 60S ribosomal protein L7, putative
v: 40S ribosomal protein S16, putative
G: 60S ribosomal protein L11a, putative
6: 60S ribosomal protein L30e, putative
w: 40S ribosomal protein S20e, putative
H: 60S ribosomal protein L6, putative
7: 60S ribosomal protein L31
x: 40S ribosomal protein S10, putative
I: 60S ribosomal protein L6, putative
8: 60S ribosomal protein L32
y: 40S ribosomal protein S11
J: 60S ribosomal protein L7a
9: 60S ribosomal protein L35ae, putative
z: 40S ribosomal protein S23, putative
K: 60S ribosomal protein L13, putative
a: 60S ribosomal protein L34
AA: Small ribosomal subunit protein eS12
L: 60S ribosomal protein L13
b: 60S ribosomal protein L36
AB: 40S ribosomal protein S18, putative
M: 60S ribosomal protein L23, putative
c: Ribosomal protein L37
AC: 40S ribosomal protein S29, putative
N: 60S ribosomal protein L14, putative
d: 60S ribosomal protein L38
AD: 40S ribosomal protein S15
O: 60S ribosomal protein L27a, putative
e: 60S ribosomal protein L39
AE: 40S ribosomal protein S11, putative
P: Ribosomal protein L15
f: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
AF: 40S ribosomal protein S17, putative
Q: 60S ribosomal protein L10, putative
g: 60S ribosomal protein L41
AG: 40S ribosomal protein S19
R: 60S ribosomal protein L5, putative
h: Large ribosomal subunit protein eL43
AH: 40S ribosomal protein S19
S: 60S ribosomal protein L18-2, putative
i: Large ribosomal subunit protein eL42
AI: 40S ribosomal protein S21
T: 60S ribosomal protein L19
j: 18S ribosomal RNA
AJ: 40S ribosomal protein S24
U: 60S ribosomal protein L18a
k: Small ribosomal subunit protein eS1
AK: 40S ribosomal protein S25
V: 60S ribosomal protein L21
l: Small ribosomal subunit protein uS2
AL: 40S ribosomal protein S26
W: 60S ribosomal protein L17, putative
m: 40S ribosomal protein S3
AM: 40S ribosomal protein S27
X: Large ribosomal subunit protein eL22
n: 40S ribosomal protein S9, putative
AN: 40S ribosomal protein S28e, putative
Y: 60S ribosomal protein L23
o: 40S ribosomal protein S4
AO: Small ribosomal subunit protein eS30
Z: 60S ribosomal protein L26, putative
p: 40S ribosomal protein S5
AP: Ribosomal protein S27a, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,452,215340
ポリマ－3,445,64980
非ポリマー6,566260
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AAQBCj

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1216212.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#4: RNA鎖 tRNA


分子量: 23774.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1016052399
#5: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38410.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#9: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51206.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1162436939
#61: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 671337.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1013064403

+
60S ribosomal protein ... , 36種, 36分子 012D3E4F5G6H7I8J9KaLbMNdOeQgRS...

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L24, putative


分子量: 19295.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEM3
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 16785.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKM5
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 14437.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHU0
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 28064.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3T9
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L35, putative


分子量: 14787.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIB4
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44318.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJC6
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8041.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3J6
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 46311.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I431
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L7, putative


分子量: 30593.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97250
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L11a, putative


分子量: 20268.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ6
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L30e, putative


分子量: 11794.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJK8
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative


分子量: 21638.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE85
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14099.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I463
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative


分子量: 25587.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A5K1K8V8
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15565.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3B0
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 32760.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL2
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L35ae, putative


分子量: 16306.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHT9
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative


分子量: 23805.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJZ7
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 17406.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBY4
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 25508.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IAX6
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12825.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I713
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative


分子量: 15015.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE09
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L14, putative


分子量: 19340.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILE8
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 10341.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8II62
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L27a, putative


分子量: 16765.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KT23
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6540.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4H3
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L10, putative


分子量: 25265.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILV2
#52: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 5108.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3G4
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative


分子量: 34067.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL3
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L18-2, putative


分子量: 21508.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5G3
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 21641.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KSY6
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 21793.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDS6
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18840.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILK3
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative


分子量: 23469.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDI5
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 22152.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE82
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L26, putative


分子量: 14855.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77364

+
40S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 qrstuvwxyzABACADAEAFAGAHAIAJAKALmAMnANop

#3: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 35473.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDR9
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S5, putative


分子量: 21898.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBN5
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22524.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IET7
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S15A, putative


分子量: 14900.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77395
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 25105.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IM10
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative


分子量: 16318.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IAX5
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S20e, putative


分子量: 13534.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IK02
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative


分子量: 16510.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ5
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 16105.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A5K1K925
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative


分子量: 16166.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97248
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S18, putative


分子量: 17928.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIA2
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S29, putative


分子量: 6430.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4K8
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17286.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDB0
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S11, putative


分子量: 18801.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77381
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative


分子量: 16096.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I502
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5C2
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 19757.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IFP2
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9157.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHS5
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15431.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R6
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11691.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILN8
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12539.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96258
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 24709.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKH8
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9154.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEN2
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S9, putative


分子量: 22172.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R0
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S28e, putative


分子量: 7508.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKL9
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29830.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIU8
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 30008.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IL02

-
タンパク質 , 2種, 2分子 ARf

#8: タンパク質 Receptor for activated c kinase


分子量: 35726.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBA0
#49: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14645.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ID50

-
Small ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 AAklAO

#35: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12


分子量: 15414.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97249
#64: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30111.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97313
#67: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein SA


分子量: 29891.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJD4
#77: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS30 / 40S ribosomal protein S30


分子量: 6508.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96269

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 cPAP

#40: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10571.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4L5
#48: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24197.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4A6
#80: タンパク質 Ribosomal protein S27a, putative


分子量: 17437.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IM64

-
Large ribosomal subunit protein ... , 3種, 3分子 hiX

#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43 / 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10826.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96184
#58: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42 / 60S ribosomal protein L44


分子量: 12194.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97231
#72: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L22


分子量: 16422.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IB51

-
非ポリマー , 2種, 260分子

#81: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#82: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plasmodium falciparum cytoplasmic ribosomes / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#80 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98057 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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