PDB-9j99: Substrate-engaged TOM complex from yeast

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j99

タイトル

Substrate-engaged TOM complex from yeast

要素

(Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Mitochondrial protein import / TOM / protein translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Yang, Y.Q. / Wang, G.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate-engaged TOM complex from yeast
著者: Yang, Y.Q. / Wang, G.P.

履歴

登録	2024年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j99.cif.gz	234.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j99.ent.gz	189.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9j99_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j99_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9j99_validation.xml.gz	53.5 KB	表示
CIF形式データ	9j99_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/9j99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/9j99	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	61256MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

B: Mitochondrial import receptor subunit TOM22

C: Mitochondrial import receptor subunit TOM5

D: Mitochondrial import receptor subunit TOM6

E: Mitochondrial import receptor subunit TOM7

I: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

J: Mitochondrial import receptor subunit TOM22

K: Mitochondrial import receptor subunit TOM5

L: Mitochondrial import receptor subunit TOM6

M: Mitochondrial import receptor subunit TOM7

ヘテロ分子

180 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 10分子 AIBJCKDLEM

#1: タンパク質	Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import site protein ISP42 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit 分子量: 42071.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: TOM40, ISP42, MOM38, YMR203W, YM8325.04 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23644
#2: タンパク質	Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 ...Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit 分子量: 16801.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: TOM22, MAS17, MAS22, MOM22, YNL131W, N1217, N1862 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49334
#3: タンパク質・ペプチド	Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / Translocase of outer membrane 5 kDa subunit 分子量: 5993.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: TOM5, MOM8A, YPR133W-A / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P80967
#4: タンパク質	Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import site protein ISP6 / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit 分子量: 6410.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: TOM6, ISP6, YOR045W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33448
#5: タンパク質	Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit 分子量: 6876.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: TOM7, MOM7, YNL070W, N2378 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53507

-
非ポリマー , 2種, 51分子

#6: 化合物	... ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT 分子量: 156.308 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	... ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 分子量: 790.145 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₈₈NO₈P / コメント: リン脂質*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Substrate-engaged TOM complex from yeast / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
由来(組換発現)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU	3 5 1.6034	画像取得
13	RELION		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1028127 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	8964
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.729	11899
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	16.601	3772
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.049	1211
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	1402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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