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- PDB-9j8g: mouse zbp1 hybrid complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j8g
タイトルmouse zbp1 hybrid complex
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*G)-3')
  • Z-DNA-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / zbp1 / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding ...left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / apoptotic process / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding protein 1 / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / RNA / Z-DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gao, A.M. / Zhoiu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: ZBP1 senses spliceosome stress through Z-RNA:DNA hybrid recognition.
著者: He, J. / Zhu, Y. / Tian, Z. / Liu, M. / Gao, A. / Fu, W. / Lu, F. / Sun, Y. / Guo, Y. / Pan, R. / Ji, Y. / Chen, J. / Lu, H. / Lin, J. / Liang, X. / Kim, C. / Zhou, C. / Jiao, H.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Z-DNA-binding protein 1
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
B: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2433
ポリマ－10,2433
非ポリマー00
水64936
1
A: Z-DNA-binding protein 1
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
B: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*G)-3')

A: Z-DNA-binding protein 1
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
B: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4866
ポリマ－20,4866
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)63.381, 63.381, 71.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-116-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Z-DNA-binding protein 1 / DNA-dependent activator of IFN-regulatory factors / DAI / Tumor stroma and activated macrophage protein DLM-1


分子量: 6556.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zbp1, Dlm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QY24
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 1778.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*G)-3')


分子量: 1908.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.92 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.46 Å / Num. obs: 14810 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 16.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09103 / Net I/σ(I): 16.17
反射 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.8394 / Num. unique obs: 1580 / CC1/2: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_4924: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43.46 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 728 4.92 %
Rwork0.2008 --
obs0.2025 14810 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数449 250 0 36 735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.604186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.940.31861460.27942787X-RAY DIFFRACTION99
1.94-2.130.29561280.23682833X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.440.26941540.23182834X-RAY DIFFRACTION100
2.44-3.080.26771450.22432808X-RAY DIFFRACTION100
3.08-43.460.20111550.16942820X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.38821.7176.07151.17141.35515.9131-0.24730.46061.02680.0794-0.1860.1513-0.79770.10480.2010.3672-0.0841-0.02740.35080.04740.37954.1753-13.3392-0.3666
26.7102-0.74170.04040.9453-0.45755.70650.078-0.16960.23640.1718-0.1286-0.1278-0.0549-0.3298-0.04040.24-0.09210.0190.3776-0.01020.31442.9999-17.70067.9686
39.26841.4651-3.784.5703-1.19115.5258-0.29760.7228-0.3319-0.62790.02490.41940.6939-0.65330.29980.4331-0.1694-0.04990.3691-0.02840.2591.7858-25.2894-1.3956
44.80.8679-1.77517.2736-2.01397.2311-0.11880.19060.0864-0.7381-0.2002-0.9070.46690.92330.28470.3328-0.04090.06090.41570.00430.346710.8799-23.0860.1486
51.0202-0.3201-0.98151.9759-0.66381.6334-0.0513-0.2177-0.08050.4032-0.291-0.40080.10770.28150.3310.2874-0.0728-0.0250.4231-0.00860.29791.2433-33.95824.4329
60.5316-0.3188-0.77413.1415-0.93951.7694-0.26460.4457-0.23460.1024-0.26780.33170.177-0.27970.27990.4601-0.220.00360.4516-0.08480.31070.3391-33.94164.2531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 54 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 55 through 69 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 201 through 206 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 6 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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