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万見
- PDB-9j8e: Structural insights into BirA from Haemophilus influenzae, a bifu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j8e
タイトルStructural insights into BirA from Haemophilus influenzae, a bifunctional protein as a biotin protein ligase and a transcriptional repressor
要素Bifunctional ligase/repressor BirA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BirA / bifunctional protein / biotin protein ligase / transcriptional repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Biotin operon repressor, helix-turn-helix domain / Bifunctional ligase/repressor BirA / Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Transcriptional repressor, C-terminal / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTINYL-5-AMP / Bifunctional ligase/repressor BirA
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Jeong, K.H. / Son, S.B. / Ko, J.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1F1A1072808 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C2093050 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into BirA from Haemophilus influenzae, a bifunctional protein as a biotin protein ligase and a transcriptional repressor.
著者: Jeong, K.H. / Son, S.B. / Ko, J.H. / Lee, M. / Lee, J.Y.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
B: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8924
ポリマ－68,7452
非ポリマー1,1472
水1,08160
1
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9462
ポリマ－34,3721
非ポリマー5741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9462
ポリマ－34,3721
非ポリマー5741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.580, 55.580, 201.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional ligase/repressor BirA


分子量: 34372.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
遺伝子: birA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P46363
#2: 化合物 ChemComp-BT5 / BIOTINYL-5-AMP / ビオチニル5′-AMP


タイプ: RNA linking / 分子量: 573.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H28N7O9PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 17650 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 41.901
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.264 / Num. unique obs: 807

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9J8F

9j8f


解像度: 2.65→28.79 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 1758 10.02 %
Rwork0.1986 --
obs0.2059 17550 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→28.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4481 0 76 60 4617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1246334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.557662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.720.33041260.2621125X-RAY DIFFRACTION94
2.72-2.80.42011370.26721231X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.890.28321390.23511220X-RAY DIFFRACTION100
2.89-30.32621350.2391218X-RAY DIFFRACTION100
3-3.120.35821330.23411232X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.260.32341360.23391226X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.430.31111370.1961219X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.640.25241350.19611215X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.920.25091360.1881223X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.320.22671410.16951227X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.940.24451330.15861209X-RAY DIFFRACTION99
4.94-6.210.22961350.18481234X-RAY DIFFRACTION99
6.21-28.790.21841350.18451213X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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