PDB-9j7g: Crystal strcuture of Keap1_compound_8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j7g

タイトル

Crystal strcuture of Keap1_compound_8

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

LIGASE / E3 ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.993 Å

データ登録者

Xu, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2025
タイトル: Chemical knockdown of Keap1 and homoPROTAC-ing allergic rhinitis
著者: Yan, J. / Wang, T. / Yu, R. / Xu, L. / Shao, H. / Li, T. / Wang, Z. / Cha, X. / Miao, Z. / Xing, C. / Xu, K. / Liu, H. / Zhuang, C.

履歴

登録	2024年8月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j7g.cif.gz	293.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j7g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j7g_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j7g_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9j7g_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	9j7g_validation.cif.gz	72 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j70C 9j71C 9j7fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

C: Kelch-like ECH-associated protein 1

X: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

X: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.472, 74.149, 123.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.861, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 31583.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物	ChemComp-GFD / 2-[(4-aminophenyl)sulfonyl-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-amino]naphthalen-1-yl]amino]ethanamide 分子量: 597.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇N₅O₇S₂
#3: 化合物	ChemComp-A1EMM / ~{N}-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-amino]naphthalen-1-yl]sulfamoyl]phenyl]-3-[2-[2-[2-[3-[[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-amino]naphthalen-1-yl]sulfamoyl]phenyl]amino]-3-oxidanylidene-propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propanamide 分子量: 1453.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₆H₇₂N₁₀O₂₀S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.73 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.993→44.56 Å / Num. obs: 39327 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 80.87 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.08
反射シェル	解像度: 2.993→3.1 Å / Num. unique obs: 3901 / CC_1/2: 0.997

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.993→44.56 Å / SU ML: 0.3991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.726
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2501	3864	5.09 %
R_work	0.1993	72105	-
obs	0.2019	39327	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.993→44.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8759	0	182	0	8941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	9256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2515	12631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0621	1305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	1658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4548	1353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.993-3.03	0.3657	141	0.3369	2577	X-RAY DIFFRACTION	97.95
3.03-3.07	0.3568	141	0.3107	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.07-3.11	0.3205	133	0.2818	2503	X-RAY DIFFRACTION	98.25
3.11-3.15	0.3279	140	0.2868	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.15-3.2	0.2855	137	0.2566	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.2-3.24	0.3507	137	0.2668	2572	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.24-3.29	0.3077	138	0.263	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.29-3.35	0.2617	142	0.231	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.35-3.41	0.2863	137	0.2323	2568	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.41-3.47	0.2914	139	0.2333	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.47-3.53	0.2873	139	0.2239	2618	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.53-3.61	0.2982	139	0.2181	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.61-3.68	0.2755	142	0.2108	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.68-3.77	0.2601	134	0.211	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.77-3.86	0.267	136	0.1946	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.86-3.97	0.2626	137	0.1963	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.97-4.09	0.2372	138	0.1757	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.46
4.09-4.22	0.2021	139	0.156	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.27
4.22-4.37	0.1739	140	0.1529	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.37-4.54	0.1828	137	0.1559	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.54-4.75	0.2508	136	0.1587	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.02
4.75-5	0.1959	140	0.1664	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.23
5-5.31	0.2233	139	0.1648	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.2
5.31-5.72	0.2483	137	0.1842	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.53
5.72-6.3	0.2524	135	0.2172	2518	X-RAY DIFFRACTION	98.59
6.3-7.2	0.3115	141	0.2157	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.35
7.21-9.07	0.2519	138	0.2152	2544	X-RAY DIFFRACTION	98.35
9.07-44.56	0.2284	132	0.2036	2456	X-RAY DIFFRACTION	94.25

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)