PDB-9j71: Crystal strcuture of Keap1_compound_7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j71

タイトル

Crystal strcuture of Keap1_compound_7

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

LIGASE / E3 ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.993 Å

データ登録者

Xu, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2025
タイトル: Chemical knockdown of Keap1 and homoPROTAC-ing allergic rhinitis
著者: Yan, J. / Wang, T. / Yu, R. / Xu, L. / Shao, H. / Li, T. / Wang, Z. / Cha, X. / Miao, Z. / Xing, C. / Xu, K. / Liu, H. / Zhuang, C.

履歴

登録	2024年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j71.cif.gz	292.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j71.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j71_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j71_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9j71_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	9j71_validation.cif.gz	72.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j70C 9j7fC 9j7gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

C: Kelch-like ECH-associated protein 1

X: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

X: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.473, 73.870, 123.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 325 through 382 or resid 388 through 528 or resid 530 through 609))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 325 through 382 or resid 388 through 528 or resid 530 through 609))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 325 through 528 or resid 530 through 609))
d_4	ens_1	(chain "X" and (resid 325 through 382 or resid 388 through 528 or resid 530 through 609))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	325 - 382	4 - 61
d_1	2	THR	THR	GLN	GLN	A	A	388 - 528	67 - 207
d_1	3	GLN	GLN	THR	THR	A	A	530 - 609	209 - 288
d_2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	325 - 382	4 - 61
d_2	2	THR	THR	GLN	GLN	B	B	388 - 528	67 - 207
d_2	3	GLN	GLN	THR	THR	B	B	530 - 609	209 - 288
d_3	1	GLY	GLY	GLN	GLN	C	C	325 - 528	4 - 207
d_3	2	GLN	GLN	THR	THR	C	C	530 - 609	209 - 288
d_4	1	GLY	GLY	ASN	ASN	X	D	325 - 382	4 - 61
d_4	2	THR	THR	GLN	GLN	X	D	388 - 528	67 - 207
d_4	3	GLN	GLN	THR	THR	X	D	530 - 609	209 - 288

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.380961222129, -0.591504708999, -0.710626995312), (0.636678285805, -0.389502916496, 0.665528540654), (-0.670454552985, -0.705981343431, 0.22821269708)	42.0813124196, -59.9960488939, 79.850411981
2	given	(-0.997489506583, -0.0037582525383, 0.0707146363474), (-0.00368632923831, 0.999992547005, 0.00114756716891), (-0.0707184221588, 0.000884008777544, -0.997495926456)	151.589550901, 5.28226636783, 77.0048979663
3	given	(-0.311997554703, -0.506720461519, 0.803674000909), (-0.614063363573, -0.537922821977, -0.577551056716), (0.724971524528, -0.673701277626, -0.143327865916)	37.2463399813, 80.5425199574, -18.296568376

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 31583.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物	ChemComp-GFD / 2-[(4-aminophenyl)sulfonyl-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-amino]naphthalen-1-yl]amino]ethanamide 分子量: 597.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇N₅O₇S₂
#3: 化合物	ChemComp-A1EMI / ~{N}-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-amino]naphthalen-1-yl]sulfamoyl]phenyl]-3-[2-[2-[3-[[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-[4-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-amino]naphthalen-1-yl]sulfamoyl]phenyl]amino]-3-oxidanylidene-propoxy]ethoxy]ethoxy]propanamide 分子量: 1409.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₄H₆₈N₁₀O₁₉S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.24 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.993→44.45 Å / Num. obs: 75180 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 75.45 Å² / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 8.96
反射シェル	解像度: 2.993→3.1 Å / Num. unique obs: 3859 / CC_1/2: 0.627

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.993→44.45 Å / SU ML: 0.4729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.8982
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2907	3843	5.11 %
R_work	0.2525	71337	-
obs	0.2545	75180	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.993→44.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8757	0	179	0	8936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	9253
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9065	12629
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0549	1305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.4172	3351

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.875070233427
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.06623840901
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.909299897032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.993-3.03	0.4499	120	0.4134	2259	X-RAY DIFFRACTION	84.24
3.03-3.07	0.3605	150	0.3605	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.07-3.11	0.419	143	0.3506	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.11-3.16	0.3635	147	0.3383	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.16-3.2	0.3456	142	0.3338	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.2-3.25	0.3536	142	0.3189	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.25-3.31	0.345	140	0.313	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.31-3.37	0.3261	146	0.3071	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.37-3.43	0.4031	141	0.3514	2652	X-RAY DIFFRACTION	98.69
3.43-3.49	0.4649	141	0.4041	2592	X-RAY DIFFRACTION	96.3
3.49-3.56	0.3021	144	0.31	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.56-3.64	0.3785	146	0.3439	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.64-3.73	0.4071	134	0.3933	2523	X-RAY DIFFRACTION	93.85
3.73-3.82	0.3077	144	0.265	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.82-3.92	0.4064	141	0.3492	2500	X-RAY DIFFRACTION	91.89
3.92-4.04	0.2818	140	0.2428	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.15
4.04-4.17	0.2475	141	0.201	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.32	0.2236	143	0.1829	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.32-4.49	0.1783	146	0.1863	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.49-4.69	0.261	144	0.182	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.69-4.94	0.2193	151	0.1818	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.94-5.25	0.2328	142	0.1859	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.25-5.65	0.2162	144	0.2057	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.65-6.22	0.2998	149	0.2426	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.65
6.22-7.12	0.2769	141	0.2404	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.79
7.12-8.96	0.2972	142	0.2349	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.82
8.96-44.45	0.2414	139	0.2019	2595	X-RAY DIFFRACTION	96.57

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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