PDB-9j70: Crystal structure of Keap1 dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j70

タイトル

Crystal structure of Keap1 dimer

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

LIGASE / E3 ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Xu, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2025
タイトル: Chemical knockdown of Keap1 and homoPROTAC-ing allergic rhinitis
著者: Yan, J. / Wang, T. / Yu, R. / Xu, L. / Shao, H. / Li, T. / Wang, Z. / Cha, X. / Miao, Z. / Xing, C. / Xu, K. / Liu, H. / Zhuang, C.

履歴

登録	2024年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j70.cif.gz	150.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j70.ent.gz	94.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j70_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j70_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	9j70_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	9j70_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j71C 9j7fC 9j7gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

X: Kelch-like ECH-associated protein 1

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.607, 75.627, 201.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 31583.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.06 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→37.17 Å / Num. obs: 40884 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 52.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.26
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 4028 / CC_1/2: 0.901

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→37.17 Å / SU ML: 0.2684 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3753
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	3762	4.85 %
R_work	0.181	73800	-
obs	0.1823	40884	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4388	0	0	121	4509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	4502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949	6134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0594	654
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.675	652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3153	131	0.2972	2683	X-RAY DIFFRACTION	95.42
2.53-2.56	0.2798	142	0.2535	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.6	0.2563	143	0.2205	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.63	0.2335	123	0.2336	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.67	0.2566	138	0.2266	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.71	0.2613	142	0.2273	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.76	0.2883	136	0.2228	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.81	0.2939	138	0.2123	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.86	0.2391	140	0.2075	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.91	0.2499	144	0.2104	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.97	0.2505	144	0.2008	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.04	0.2474	140	0.2257	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.11	0.2522	130	0.213	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.18	0.2447	140	0.2029	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.18-3.27	0.2564	142	0.2028	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.37	0.2117	146	0.199	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.47	0.2499	146	0.2042	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.6	0.2156	140	0.1922	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.74	0.2452	146	0.1796	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.91	0.2135	140	0.1724	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.12	0.1953	140	0.1627	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.12-4.38	0.1643	142	0.1313	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.38-4.71	0.1145	145	0.1271	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.71-5.19	0.1364	139	0.1469	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-5.93	0.1806	128	0.1703	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.94-7.46	0.284	132	0.2032	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.48-37.17	0.1803	145	0.1682	2708	X-RAY DIFFRACTION	98.86

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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