[日本語] English
万見
- PDB-9j6m: beta-D-galactofuranosidase ORF1110 from Streptomyces sp. JHA19, l... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j6m
タイトルbeta-D-galactofuranosidase ORF1110 from Streptomyces sp. JHA19, ligand-free form
要素Beta-D-galactofuranosidase 2
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase family 2
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / alpha-L-arabinofuranosidase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / : / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 ...Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / : / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-D-galactofuranosidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. JHA19 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fujio, N. / Yamada, C. / Takegawa, K. / Fushinobu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of beta-d-galactofuranosidase from Streptomyces sp. JHA19 in complex with an inhibitor provides insights into substrate specificity.
著者: Fujio, N. / Yamada, C. / Kashima, T. / Matsunaga, E. / Nash, R.J. / Takegawa, K. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: PLoS One / 年: 2015
タイトル: Identification and Characterization of a Novel Galactofuranose-Specific beta-D-Galactofuranosidase from Streptomyces Species.
著者: Matsunaga, E. / Higuchi, Y. / Mori, K. / Yairo, N. / Oka, T. / Shinozuka, S. / Tashiro, K. / Izumi, M. / Kuhara, S. / Takegawa, K.
#2: ジャーナル: Carbohydr Res / 年: 2019
タイトル: Galactofuranosidase from JHA 19 Streptomyces sp.: subcloning and biochemical characterization.
著者: Senicar, M. / Legentil, L. / Ferrieres, V. / Eliseeva, S.V. / Petoud, S. / Takegawa, K. / Lafite, P. / Daniellou, R.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-D-galactofuranosidase 2
B: Beta-D-galactofuranosidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2697
ポリマ－134,8422
非ポリマー4275
水14,700816
1
A: Beta-D-galactofuranosidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7314
ポリマ－67,4211
非ポリマー3113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
2
B: Beta-D-galactofuranosidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5373
ポリマ－67,4211
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.551, 57.346, 110.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-D-galactofuranosidase 2


分子量: 67420.852 Da / 分子数: 2 / 変異: Y585H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. JHA19 (バクテリア)
プラスミド: pET50b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL-X / 参照: UniProt: A0A0K2SRV3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100mM KSCN, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.052 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月27日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.5 Å / Num. obs: 98339 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.22 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4807 / CC1/2: 0.756 / Rpim(I) all: 0.328 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.407 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17661 4888 5 %RANDOM
Rwork0.14342 ---
obs0.14509 93433 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20.04 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8984 0 27 816 9827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0129265
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.80212677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6091.75619462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04951156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.242580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.423101300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2221.4334627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2151.4324626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7952.5695779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7962.575780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9661.6074638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9661.6074639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0252.8636898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.97815.0710090
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.85214.269921
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 393 -
Rwork0.199 6807 -
obs--99.85 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る