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- PDB-9j6i: Crystal structure of the ABA receptor PYL1 in complex with DBSA c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j6i
タイトルCrystal structure of the ABA receptor PYL1 in complex with DBSA compound
要素Abscisic acid receptor PYL1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / ABA receptor / PYL1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus ...protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Abscisic acid receptor PYL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Stabilization of dimeric PYR/PYL/RCAR family members relieves abscisic acid-induced inhibition of seed germination.
著者: Wang, Z.Z. / Cao, M.J. / Yan, J. / Dong, J. / Chen, M.X. / Yang, J.F. / Li, J.H. / Ying, R.N. / Gao, Y.Y. / Li, L. / Leng, Y.N. / Tian, Y. / Hewage, K.A.H. / Pei, R.J. / Huang, Z.Y. / Yin, P. ...著者: Wang, Z.Z. / Cao, M.J. / Yan, J. / Dong, J. / Chen, M.X. / Yang, J.F. / Li, J.H. / Ying, R.N. / Gao, Y.Y. / Li, L. / Leng, Y.N. / Tian, Y. / Hewage, K.A.H. / Pei, R.J. / Huang, Z.Y. / Yin, P. / Zhu, J.K. / Hao, G.F. / Yang, G.F.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL1
B: Abscisic acid receptor PYL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0413
ポリマ－40,5532
非ポリマー4871
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.990, 126.990, 60.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL1 / ABI1-binding protein 6 / PYR1-like protein 1 / Regulatory components of ABA receptor 9


分子量: 20276.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYL1, RCAR12, At5g46790, MZA15.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VZS8
#2: 化合物 ChemComp-H9X / 5-bromanyl-N2-[(4-bromophenyl)-bis(oxidanyl)-$l^4-sulfanyl]-N1,N1,N3,N3-tetrakis(oxidanyl)benzene-1,2,3-triamine


分子量: 487.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13Br2N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 8000, Potassium phosphate dibasic, Glycerol, Ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 25426 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 49.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 2464 / CC1/2: 0.798

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc3_3206精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KDJ

3kdj


解像度: 2.3→43.68 Å / SU ML: 0.2819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.2219 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 1271 5.15 %
Rwork0.2067 23402 -
obs0.209 24673 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2722 0 24 38 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872795
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03483785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0556427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.47571677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.30851130.25232560X-RAY DIFFRACTION98.38
2.39-2.50.32481410.25192586X-RAY DIFFRACTION99.85
2.5-2.630.32191480.24262565X-RAY DIFFRACTION99.96
2.63-2.80.31541370.23872593X-RAY DIFFRACTION99.93
2.8-3.020.26981500.23082599X-RAY DIFFRACTION99.89
3.02-3.320.28651620.22292571X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.80.26921380.2122631X-RAY DIFFRACTION99.93
3.8-4.790.22641310.17882621X-RAY DIFFRACTION99.93
4.79-43.680.2081510.19252676X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -101.861271959 Å / Origin y: 78.1042889532 Å / Origin z: -2.19279726621 Å
111213212223313233
T0.352837620806 Å2-0.00522004308696 Å20.0327984516474 Å2-0.354255095273 Å2-0.0560097427178 Å2--0.463801793636 Å2
L3.2502197008 °2-0.539916855599 °20.594535188397 °2-2.30235506287 °2-0.220716323674 °2--0.979982945206 °2
S-0.0179115177475 Å °0.0793051684114 Å °0.142125666794 Å °0.0337520160059 Å °0.087541839371 Å °-0.215921482345 Å °-0.0634583603756 Å °0.236032266836 Å °-0.06361823237 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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