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万見
- PDB-9j61: Crystal structure of a cyclodipeptide synthase from Streptomyces ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j61
タイトルCrystal structure of a cyclodipeptide synthase from Streptomyces sapporonensis
要素Cyclodipeptide synthase
キーワードLIGASE / tRNA-Dependent enzyme / cyclodipeptide synthase
機能・相同性Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase superfamily / aminoacyltransferase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cyclodipeptide synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces cinnamoneus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, P. / Ren, Y. / He, J. / Wu, S. / Wang, J. / Tang, G. / Fang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program of China2022YFC2303100 中国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Crystal Structure and Mutagenesis of an XYP Subfamily Cyclodipeptide Synthase Reveal Key Determinants of Enzyme Activity and Substrate Specificity.
著者: He, J.B. / Ren, Y. / Li, P. / Liu, Y.P. / Pan, H.X. / Huang, L.J. / Wang, J. / Fang, P. / Tang, G.L.
履歴
登録2024年8月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclodipeptide synthase
B: Cyclodipeptide synthase
C: Cyclodipeptide synthase
D: Cyclodipeptide synthase
E: Cyclodipeptide synthase
F: Cyclodipeptide synthase
G: Cyclodipeptide synthase
H: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,78524
ポリマ－227,6878
非ポリマー1,09716
水12,304683
1
A: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5232
ポリマ－28,4611
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7395
ポリマ－28,4611
非ポリマー2784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5232
ポリマ－28,4611
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7214
ポリマ－28,4611
非ポリマー2603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5232
ポリマ－28,4611
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5853
ポリマ－28,4611
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7095
ポリマ－28,4611
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4611
ポリマ－28,4611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.590, 89.440, 93.350
Angle α, β, γ (deg.)70.850, 67.037, 61.542
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

-
要素

#1: タンパク質
Cyclodipeptide synthase


分子量: 28460.918 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cinnamoneus (バクテリア)
遺伝子: bcmA, BLA24_33500, CYQ11_26550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G1XAZ9
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.18 M ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.72 Å / Num. obs: 117382 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 39.13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 208361
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Num. measured all: 10979 / Num. unique obs: 6011 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.445 / Rrim(I) all: 0.63 / Χ2: 0.77 / Net I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→28.62 Å / SU ML: 0.3505 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 32.2268
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2921 6044 5.15 %RANDOM
Rwork0.234 111240 --
obs0.2371 117284 91.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13757 0 71 683 14511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009814127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.558219017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08332019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02762487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.29145230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.3922230.34043851X-RAY DIFFRACTION94.37
2.12-2.150.33631960.32653835X-RAY DIFFRACTION94.23
2.15-2.180.34481970.31163883X-RAY DIFFRACTION95.08
2.18-2.20.34892040.30373844X-RAY DIFFRACTION94.78
2.2-2.230.34661750.3453734X-RAY DIFFRACTION90.95
2.23-2.260.49081500.42992936X-RAY DIFFRACTION72
2.26-2.290.32732230.30283800X-RAY DIFFRACTION92.89
2.29-2.330.33192080.28583747X-RAY DIFFRACTION93.32
2.33-2.370.32992000.26143929X-RAY DIFFRACTION95.27
2.37-2.40.30542310.27213849X-RAY DIFFRACTION96.05
2.4-2.450.32812120.27023923X-RAY DIFFRACTION95.78
2.45-2.490.33431840.27183738X-RAY DIFFRACTION91.61
2.49-2.540.35582110.25763880X-RAY DIFFRACTION95.03
2.54-2.590.292270.24223834X-RAY DIFFRACTION94.79
2.59-2.650.36182170.25493868X-RAY DIFFRACTION95.18
2.65-2.710.33471750.26763711X-RAY DIFFRACTION90.58
2.71-2.770.30412130.25393783X-RAY DIFFRACTION94.13
2.77-2.850.32432090.2473822X-RAY DIFFRACTION93.27
2.85-2.930.32162020.24363754X-RAY DIFFRACTION92.6
2.93-3.030.3312140.23593774X-RAY DIFFRACTION92.36
3.03-3.140.32751880.26623708X-RAY DIFFRACTION90.9
3.14-3.260.33921940.25243671X-RAY DIFFRACTION90.18
3.26-3.410.31721850.23033575X-RAY DIFFRACTION86.96
3.41-3.590.28921960.21963360X-RAY DIFFRACTION82.87
3.59-3.810.2591690.21173410X-RAY DIFFRACTION83.88
3.81-4.110.26732040.20523427X-RAY DIFFRACTION84.52
4.11-4.520.25942010.19443595X-RAY DIFFRACTION88.18
4.52-5.170.20621990.19053640X-RAY DIFFRACTION89.89
5.17-6.50.31532060.20923645X-RAY DIFFRACTION89.81
6.5-28.620.23732310.20043714X-RAY DIFFRACTION91.72
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.7601736274 Å / Origin y: 35.7896910664 Å / Origin z: -39.0857512558 Å
111213212223313233
T0.271467211986 Å2-0.00333185362917 Å2-0.00377009769734 Å2-0.307868908301 Å20.0112332943705 Å2--0.281559062046 Å2
L0.134522508904 °2-0.0196430742953 °2-0.00369516570684 °2-0.288821384676 °20.0577373620508 °2--0.110397852156 °2
S-0.0444803783179 Å °0.000808393877335 Å °0.0118173931319 Å °-0.00300060750622 Å °0.04177962756 Å °0.0252049749084 Å °-0.00169786602418 Å °0.0238251336617 Å °0.00387143187171 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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