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- PDB-9j5s: Crystal structure of human G3BP1 in complex with CHIKV nsP3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j5s
タイトルCrystal structure of human G3BP1 in complex with CHIKV nsP3 peptide
要素
  • Polyprotein P1234
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / chikungunya virus / non-structural protein / virus-host interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / ribosomal small subunit binding / 7-methylguanosine mRNA capping / positive regulation of type I interferon production ...DNA/RNA helicase activity / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / ribosomal small subunit binding / 7-methylguanosine mRNA capping / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / cysteine-type peptidase activity / DNA helicase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic stress granule / endonuclease activity / perikaryon / methylation / defense response to virus / DNA helicase / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host gene expression / innate immune response / viral RNA genome replication / focal adhesion / mRNA binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyprotein P1234 / Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Liu, Y.Z. / Lei, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFF0702004 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303701 中国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reveals a double oligomeric ring scaffold of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of host G3BP1.
著者: Yuanzhi Liu / Jie Wang / Yinze Han / Xiaoyan Xia / Rui Zeng / Xinyu Fan / Bo Zhang / Kaituo Wang / Jian Lei /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) poses a severe threat to global public health. The interaction between CHIKV nsP3 and host G3BP1 is critical for viral replication. However, the exact structural mechanism ...Chikungunya virus (CHIKV) poses a severe threat to global public health. The interaction between CHIKV nsP3 and host G3BP1 is critical for viral replication. However, the exact structural mechanism of the nsP3-G3BP1 interaction is scarce. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of an octameric-heterotrimer formed by CHIKV nsP3 peptide (designated as CHIKV-43) in complex with the nuclear translocation factor 2-like (NTF2L) domain of G3BP1. The overall structure presents a double-layer ring scaffold. Two FGDF motifs and two alpha helices of CHIKV-43 are essential to bind NTF2L. Particularly, the secondary alpha helix plays key roles in forming the CHIKV-43-NTF2L high-order oligomer. We next analyzed the detailed interactions between CHIKV-43 and the NTF2L domain. The different binding patterns of NTF2L with its various partners were described as well. Subsequently, we demonstrated that the CHIKV-43 peptide is a crucial factor for nsP3 co-localization with G3BP1, reducing stress granule formation and interfering with interferon production. Overall, our findings present the structural and functional mechanisms on CHIKV nsP3 modulating host G3BP1 and provide a potential antiviral target based on the protein-protein interaction interface.
IMPORTANCE: Chikungunya virus (CHIKV) is an arbovirus responsible for causing fever, headache, and severe joint pain in humans, with widespread outbreaks affecting millions worldwide. The CHIKV nsP3 ...IMPORTANCE: Chikungunya virus (CHIKV) is an arbovirus responsible for causing fever, headache, and severe joint pain in humans, with widespread outbreaks affecting millions worldwide. The CHIKV nsP3 is a key protein that interacts with multiple host proteins. In this study, we present the cryo-electron microscopy structure of a high-order oligomer formed by the CHIKV nsP3 peptide and the nuclear translocation factor 2-like (NTF2L) domain of host protein G3BP1, revealing a completely novel interaction model. The detailed interactions within this oligomer were illustrated. We also analyzed the binding patterns of the NTF2L domain of G3BP1 with its various partners, providing essential insights for the development of peptide-mimetic inhibitors targeting nsP3 and/or G3BP1. Furthermore, our data indicate that the nsP3-G3BP1 interaction reduces stress granule formation and antagonizes interferon production. Overall, this study provides new knowledge on CHIKV biology and suggests a potential target for developing antiviral therapeutics.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: Polyprotein P1234
D: Polyprotein P1234


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8434
ポリマ－37,8434
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.506, 71.450, 53.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP1-NTF2 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 16057.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド Polyprotein P1234 / Non-structural polyprotein


分子量: 2864.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
参照: UniProt: A0A0U5KFN5
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20%(w/v) PEG 3350, 200mM Sodium citrate tribasic, 100mM Sodium citrate/Citric acid pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→36.19 Å / Num. obs: 8074 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.76 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Num. unique obs: 605 / CC1/2: 0.435

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FW5

5fw5


解像度: 2.84→36.19 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2804 407 5.05 %
Rwork0.226 --
obs0.2289 8065 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→36.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 0 0 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4523196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.838310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-3.250.35031240.26622543X-RAY DIFFRACTION99
3.25-4.10.34281280.23562548X-RAY DIFFRACTION100
4.1-36.190.21761550.20012567X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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