PDB-9j4z: Crystal structure of the open state of omega transaminase TA_5182...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j4z

タイトル

Crystal structure of the open state of omega transaminase TA_5182 from Pseudomonas putida KT2440

要素

Polyamine:pyruvate transaminase

キーワード

TRANSFERASE / omega transaminase / aminotransferase / thermal stability / pseudomonas putida / cofactor affinity

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-aminobutyric acid metabolic process / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Das, P. / Bhaumik, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural insights and rational design of Pseudomonas putida KT2440 Omega transaminases for enhanced biotransformation of (R)-PAC to (1R, 2S)-Norephedrine.
著者: Das, P. / Noronha, S. / Bhaumik, P.

履歴

登録	2024年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j4z.cif.gz	315.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j4z.ent.gz	254.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j4z_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j4z_full_validation.pdf.gz	490.6 KB	表示
XML形式データ	9j4z_validation.xml.gz	60.4 KB	表示
CIF形式データ	9j4z_validation.cif.gz	77.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j2kC 9j4yC 9j50C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyamine:pyruvate transaminase

B: Polyamine:pyruvate transaminase

C: Polyamine:pyruvate transaminase

D: Polyamine:pyruvate transaminase

ヘテロ分子

201 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyamine:pyruvate transaminase

B: Polyamine:pyruvate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Polyamine:pyruvate transaminase

D: Polyamine:pyruvate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.030, 151.340, 156.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polyamine:pyruvate transaminase 分子量: 49933.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 遺伝子: spuC-II, PP_5182 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88CJ8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 31744 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.35 % / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 6.16
反射シェル	解像度: 3.4→3.5 Å / Num. unique obs: 2594 / CC_1/2: 0.566 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→48.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 30.962 / SU ML: 0.463 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.572 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25801	1588	5 %	RANDOM
R_work	0.20569	-	-	-
obs	0.20825	30155	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.102 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.99 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.4→48.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12318	0	65	0	12383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	12657
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.822	17141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.445	1.756	27919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.362	5	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.486	5	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.592	10	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.56	9.103	6332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.56	9.103	6332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.556	16.349	7901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.555	16.35	7902
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.869	9.556	6325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.801	9.517	6274
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.845	17.371	9163
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	18.238	84.33	14223
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	18.238	84.33	14223
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	114	-
R_work	0.308	2160	-
obs	-	-	99.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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