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- PDB-9j4y: Crystal Structure of the L322F mutant of Omega Transaminase TA_27... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j4y
タイトルCrystal Structure of the L322F mutant of Omega Transaminase TA_2799 from Pseudomonas putida KT2440
要素Aminotransferase, class III
キーワードTRANSFERASE / Omega Transminase / aminotransferase / Pseudomonas / transaminase mutant / thermostability / PLP affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-aminobutyric acid metabolic process / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminotransferase, class III
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Das, P. / Bhaumik, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural insights and rational design of Pseudomonas putida KT2440 Omega transaminases for enhanced biotransformation of (R)-PAC to (1R, 2S)-Norephedrine.
著者: Das, P. / Noronha, S. / Bhaumik, P.
履歴
登録2024年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase, class III
B: Aminotransferase, class III
C: Aminotransferase, class III
D: Aminotransferase, class III
E: Aminotransferase, class III
F: Aminotransferase, class III
G: Aminotransferase, class III
H: Aminotransferase, class III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,31934
ポリマ－399,1258
非ポリマー2,19426
水5,368298
1
A: Aminotransferase, class III
B: Aminotransferase, class III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,48611
ポリマ－99,7812
非ポリマー7059
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area28490 Å2
手法PISA
2
C: Aminotransferase, class III
D: Aminotransferase, class III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,49810
ポリマ－99,7812
非ポリマー7178
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area28570 Å2
手法PISA
3
E: Aminotransferase, class III
F: Aminotransferase, class III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0986
ポリマ－99,7812
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area28690 Å2
手法PISA
4
G: Aminotransferase, class III
H: Aminotransferase, class III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2387
ポリマ－99,7812
非ポリマー4565
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area28710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.160, 121.440, 147.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aminotransferase, class III


分子量: 49890.633 Da / 分子数: 8 / 変異: L322F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
遺伝子: PP_2799 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88J50

-
非ポリマー , 5種, 324分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium sulphate, 0.1M bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 133254 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.71
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 14679

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→39.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 12.1 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.731 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23279 6663 5 %RANDOM
Rwork0.19428 ---
obs0.19621 126588 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å2-1.03 Å2
2--1.58 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→39.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27900 0 129 298 28327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01228754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01627096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.79239156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4471.73362090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64653643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.7345188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.887104361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.24395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0234458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9063.89114554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9063.89114554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0036.98218182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0036.98218183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4224.24914200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4224.24914201
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7527.64220968
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.46437.7931792
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.46537.831777
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 486 -
Rwork0.327 9242 -
obs--98.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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