PDB-9j4v: Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleoca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j4v

タイトル

Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors

要素

Beta-2-microglobulin
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HLA-B7 SARS-CoV-2 / Nuleocapside / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / detection of bacterium / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / negative regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / VEGFR2 mediated vascular permeability / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / molecular condensate scaffold activity / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / PIP3 activates AKT signaling / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / protein refolding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / early endosome membrane / host cell Golgi apparatus / protein homotetramerization / adaptive immune response / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / intracellular iron ion homeostasis / Attachment and Entry / learning or memory
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Yuan, P. / Wu, D.C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors
著者: Yuan, P. / Wu, D.C.

履歴

登録	2024年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9j4v.ent.gz	277.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9j4v_validation.pdf.gz	777.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j4v_full_validation.pdf.gz	781.6 KB	表示
XML形式データ	9j4v_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	9j4v_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4v	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (4) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (4)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain

B: Beta-2-microglobulin

C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain

D: Beta-2-microglobulin

E: Nucleoprotein

F: Nucleoprotein

ヘテロ分子

91.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain

B: Beta-2-microglobulin

E: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain

D: Beta-2-microglobulin

F: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.135, 87.323, 157.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Human leukocyte antigen B / HLA-B 分子量: 32093.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 1295.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC9

-
非ポリマー , 4種, 394分子

#4: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 HEPES (pH 7.5), 0.2 M ammonium acetate, and 24% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→36.34 Å / Num. obs: 69994 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 34.38 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / Num. unique obs: 6829 / CC_1/2: 0.862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→36.34 Å / SU ML: 0.2497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.1912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2428	3512	5.04 %
R_work	0.2141	66127	-
obs	0.2156	69639	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→36.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6318	0	36	390	6744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	6572
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9364	8925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0593	890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0143	1185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.208	907

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.01	0.3846	127	0.3229	2415	X-RAY DIFFRACTION	91.97
2.01-2.03	0.3501	146	0.3137	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.03-2.06	0.2674	143	0.2854	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.06-2.1	0.289	140	0.2949	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.1-2.13	0.3117	137	0.2752	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.13-2.17	0.3226	118	0.271	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.17-2.21	0.295	120	0.2689	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.21-2.25	0.2848	153	0.2691	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.25-2.3	0.3253	146	0.2786	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.3-2.35	0.304	136	0.261	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.35-2.4	0.3203	141	0.2568	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.4-2.46	0.2779	150	0.2596	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.46-2.53	0.2868	120	0.2418	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.53-2.6	0.2793	157	0.2473	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.6-2.69	0.2781	136	0.2499	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.69-2.78	0.2803	143	0.238	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.78-2.89	0.264	145	0.2502	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.89-3.02	0.2953	132	0.2456	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.02-3.18	0.3077	116	0.2252	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.18-3.38	0.2384	162	0.2195	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.38-3.64	0.2286	149	0.1974	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.64-4.01	0.1857	144	0.1787	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.01-4.59	0.1865	159	0.154	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.59-5.78	0.187	140	0.1552	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.48
5.78-36.34	0.2092	152	0.1831	2797	X-RAY DIFFRACTION	96.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.20090926437	0.521949906361	0.0488606851199	0.488348047403	-0.241105124368	2.28198197963	0.0572448449437	-0.212276227608	-0.0235811520571	-0.0934976527081	-0.131223740106	0.0225193094306	0.322568098765	-0.0205044725647	-0.000669951848876	0.310637948951	0.0571138793983	-0.0158631049585	0.318616401459	-0.000476995598947	0.286277642252	-16.0407670029	19.8741932767	-52.7411453314
2	2.53486165285	1.29822569748	1.40368100275	1.88022212289	0.0926869965544	1.24414800678	-0.312137860422	0.610383328666	-0.180861149896	-0.10847307396	0.304458894263	-0.153994630647	-0.0401866008914	0.297469694595	-0.0121091199901	0.287201959074	-0.0504118217482	-0.0335319080088	0.352259766406	-0.0598660917086	0.336562354814	-23.5179798331	11.4883396228	-86.7679393446
3	0.0434014754308	0.0115655559977	-0.0661378821588	0.368116715737	0.0889444175761	0.889544270627	-0.101484934534	-0.120311906071	0.0404010600182	-0.644221571284	0.207548902038	-0.129103222461	0.269614753386	0.387304485723	0.00497760386467	0.427387637194	0.00417935686317	-0.045302563169	0.343295668519	0.00263400711959	0.388523013403	-11.4407753313	26.7708115869	-74.8649430684
4	1.4402118091	-0.315243175285	-0.511842485579	1.52872692565	0.598643839425	2.56469211605	-0.0676419976734	-0.142776278389	0.0744716311438	-0.964108975026	0.465387732859	0.403918992991	0.0351458993156	0.212841207496	1.23376998909	0.564451854367	-0.0553660192173	-0.295269491027	0.0458621995989	0.224140319606	0.464736596696	-22.8833238376	31.1001630291	-76.8820514468
5	0.369554495353	0.396208287547	0.503968502703	0.344907257118	-0.191358705727	0.62831686374	0.247132758093	-0.0349185714902	0.414734101476	-0.786152247277	-0.225356335145	0.198127778138	0.774407248723	0.271387620342	0.00360874746082	0.402628452239	0.0759983873177	-0.0495585640202	0.300767469078	0.0561095500762	0.508669022599	-19.5587966014	31.3634231869	-69.9731792315
6	0.772332310673	-0.289526932327	-0.395913968649	0.59297196456	0.158923923215	1.36639003624	0.0572945178169	0.0698904704472	0.513408185295	-0.837662098834	0.253220773499	0.768146387448	0.208186982461	0.292866828082	0.260637806662	0.593273030116	-0.0429794951386	-0.257495554657	0.0581923418947	0.189513912333	0.662169350999	-23.8511815241	33.9766059608	-79.2939468948
7	0.885125912886	-0.769281328606	-0.870737011204	0.827641952498	0.601105909184	1.04229196814	-0.106941196653	0.139345607743	-0.259468110817	-1.04306000733	0.265867050583	0.049935880942	0.130718197188	-0.0936149571164	0.406618415842	0.586605367412	-0.0775300329236	-0.107717178726	0.33547722534	0.147304362705	0.419937221328	-14.7401115552	32.2356720659	-82.7958192744
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16	0.68582888548	0.449777027665	0.0887861522047	1.49429605221	1.50292133283	1.70158436872	0.143651703314	-0.466352139138	0.205275986841	0.514230849904	0.495353460088	-0.0693906594066	-0.105632829764	-0.282986180442	0.467271552658	0.808472638373	0.0895099853955	0.250339873033	0.400354265771	0.12660711803	0.336654982304	-20.2738420604	13.9854082529	8.8808028006
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18	0.0498916330033	0.0465434802155	-0.0308886912123	0.212025987252	-0.0801598072308	0.100162954024	-0.00781188374536	-0.394807390929	0.100180100633	-0.144280373391	-0.127392042236	0.136303189694	-0.204247844893	0.267434510294	-0.000114011923124	0.301546236684	0.0126870846113	-0.0186531246988	0.477626799023	0.0136590154099	0.305114442335	-14.646441446	22.9487289481	-33.8957806048

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 180 )	A	A	1 - 180	1 - 180
2	2	chain 'A' and (resid 181 through 275 )	A	A	181 - 275	181 - 275
3	3	chain 'B' and (resid 0 through 11 )	B	F	0 - 11	1 - 12
4	4	chain 'B' and (resid 12 through 41 )	B	F	12 - 41	13 - 42
5	5	chain 'B' and (resid 42 through 61 )	B	F	42 - 61	43 - 62
6	6	chain 'B' and (resid 62 through 83 )	B	F	62 - 83	63 - 84
7	7	chain 'B' and (resid 84 through 99 )	B	F	84 - 99	85 - 100
8	8	chain 'C' and (resid 1 through 180 )	C	G	1 - 180	1 - 180
9	9	chain 'C' and (resid 181 through 275 )	C	G	181 - 275	181 - 275
10	10	chain 'D' and (resid 0 through 11 )	D	H	0 - 11	1 - 12
11	11	chain 'D' and (resid 12 through 30 )	D	H	12 - 30	13 - 31
12	12	chain 'D' and (resid 31 through 51 )	D	H	31 - 51	32 - 52
13	13	chain 'D' and (resid 52 through 56 )	D	H	52 - 56	53 - 57
14	14	chain 'D' and (resid 57 through 77 )	D	H	57 - 77	58 - 78
15	15	chain 'D' and (resid 78 through 90 )	D	H	78 - 90	79 - 91
16	16	chain 'D' and (resid 91 through 99 )	D	H	91 - 99	92 - 100
17	17	chain 'E' and (resid 1 through 9 )	E	I	1 - 9	1 - 9
18	18	chain 'F' and (resid 1 through 9 )	F	J	1 - 9	1 - 9

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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