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- PDB-9j4u: Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleoca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j4u
タイトルStructural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors
要素
  • (LLL epitope specific TCR ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TCR / T cell receptor / sars-cov-2 / nuleocapside / hla-a2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / VEGFR2 mediated vascular permeability / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / molecular condensate scaffold activity / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / PIP3 activates AKT signaling / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / protein refolding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / early endosome membrane / host cell Golgi apparatus / protein homotetramerization / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / intracellular iron ion homeostasis / Attachment and Entry / learning or memory / host cell perinuclear region of cytoplasm / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Yuan, P. / Wu, D.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270995 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100985 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors
著者: Yuan, P. / Wu, D.C.
履歴
登録2024年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
D: LLL epitope specific TCR APHLA
E: LLL epitope specific TCR BETA
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2535
ポリマ－95,2535
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.757, 148.273, 64.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31985.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WLS4
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
抗体 / LLL epitope specific TCR ... / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 4種, 255分子 DEC

#3: 抗体 LLL epitope specific TCR APHLA


分子量: 22631.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: タンパク質 LLL epitope specific TCR BETA


分子量: 27658.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1098.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→60.7 Å / Num. obs: 51116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Num. unique obs: 5086 / CC1/2: 0.799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→60.66 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 2480 4.86 %
Rwork0.193 --
obs0.1952 51046 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→60.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6525 0 0 252 6777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9229100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.464898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.210.27031230.24472652X-RAY DIFFRACTION98
2.21-2.260.30671480.23412680X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.30.27981380.23662690X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.360.29151470.23332666X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.420.24251440.22252667X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.480.30921400.22242746X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.560.30111420.23212682X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.640.32331370.24332681X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.730.36031330.23992699X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.840.30781120.2482715X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.970.32091380.2352708X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.130.27851390.21212691X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.320.24851510.19642687X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.580.21371570.19062697X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.940.20221280.16772720X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.510.1831090.14552737X-RAY DIFFRACTION100
4.51-5.680.19581440.15172713X-RAY DIFFRACTION100
5.68-60.660.18681500.17752735X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4768-0.60040.511.75970.36022.627-0.0524-0.0662-0.00660.00090.00040.0117-0.0750.12980.05830.1245-0.02130.01640.29560.09460.266844.606720.851920.3247
25.0147-0.4001-1.93581.39910.46632.3273-0.1804-0.4816-0.14010.08510.05060.27790.0681-0.03780.15740.40190.06120.02390.30330.03540.318724.681535.781144.2693
33.49830.70590.71753.9810.59674.72560.173-0.1699-0.14610.94640.1253-0.0394-0.1077-0.2614-0.29110.43240.14340.01780.34850.1180.467328.327641.65628.6992
41.7187-0.29480.24214.27751.60692.9049-0.21170.08630.2482-0.01070.2060.4005-0.8074-0.12440.00270.4470.0277-0.00590.35070.14040.363630.060842.207821.6031
55.00181.23191.33316.46783.00726.80450.2846-0.56850.35220.3276-0.13760.6721-0.9001-1.55240.06390.5790.2150.1450.74540.21440.605121.797447.265229.6078
65.4984-2.92650.20067.18540.31223.9825-0.541-1.62410.05880.46890.4334-0.30090.47060.1903-0.02870.42030.18820.02750.96250.09830.391675.48323.554322.7102
73.5082-1.807-1.04423.12710.78933.2313-0.1829-1.06330.09090.23020.3129-0.24550.27770.3918-0.04740.20990.04120.00990.61890.11480.336464.513110.57718.9637
85.0944-1.5327-0.0985.85490.21384.2014-0.3701-0.485-0.3794-0.22230.23950.10240.82550.63270.02190.32150.01440.01150.50170.11370.431167.89591.573710.467
91.7915-1.050.04227.16332.49984.8789-0.6119-0.9063-0.26730.84160.21070.92820.6108-0.5401-0.33920.57610.3640.1291.4350.32020.574964.24234.193326.3657
103.9366-1.7460.77792.07780.02012.128-0.4212-0.7805-0.33280.14840.59730.00540.42730.0877-0.21440.31260.09530.08020.56130.14550.362370.96063.43316.01
112.93530.23680.44113.1972-0.12192.6189-0.16430.011-0.2168-0.8119-0.2121-0.11890.54060.38610.19160.96820.2772-0.00590.36540.06040.466194.7604-14.46859.4534
122.76880.60770.45792.8903-0.91482.65690.120.0661-0.238-0.401-0.2138-0.43380.92660.3970.19010.80230.2481-0.00750.40050.0640.480595.0189-14.08079.3291
137.1360.4568-0.66463.6996-1.09494.9237-0.23170.4769-0.6479-0.7083-0.0942-0.22590.67020.22540.10780.37420.0588-0.02260.3693-0.03770.222871.76228.7792-9.0421
145.3997-0.7557-1.31321.4529-0.6344.532-0.0418-0.02310.1889-0.03930.05980.05040.1182-0.2475-0.02980.18620.0074-0.01570.15020.01990.209163.637714.4725-0.7769
152.5172-1.41030.73592.54080.69310.91320.16970.4910.6082-0.9412-0.3737-0.56850.45020.92570.06290.51610.17820.16490.55210.16620.393384.85238.0175-10.1283
161.8184-0.78280.43762.641-0.41541.1420.36330.2719-0.3215-0.4071-0.2385-0.1431.30390.4106-0.04151.16580.4488-0.05140.2843-0.0490.459387.8032-15.0541-1.4257
173.4507-0.83650.59282.69440.76322.47630.26780.12440.4633-0.1703-0.22610.19480.42460.2045-0.04370.68060.11540.00880.3044-0.00930.456286.2789-5.1516-0.7071
182.3869-0.93790.0891.46670.35770.28360.19550.1411-0.6171-0.0388-0.1331-0.04021.02130.0028-0.12861.22370.2303-0.09460.2901-0.03230.429185.9728-19.29221.3699
193.3402-0.70890.18172.34771.29341.49520.43710.7547-0.002-0.8111-0.52040.09760.5080.08770.0471.10380.3453-0.02990.6235-0.07010.276383.4046-7.9286-13.4566
200.56550.09290.02851.32180.95172.41730.0647-0.2136-0.2588-0.1260.04390.08680.1801-0.1391-0.11870.2162-0.0486-0.00340.36020.08610.371449.736616.139516.9712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 274 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 19 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 20 through 90 )
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 51 through 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 76 through 108 )
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 19 through 107 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 108 through 122 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 123 through 160 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 161 through 186 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 187 through 201 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 202 through 241 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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