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- PDB-9j4s: Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleoca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j4s
タイトルStructural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors
要素
  • (T cell receptor CLA1 ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TCR / T cell receptor / SARS-CoV-2 / Nucleocapside / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / regulation of interleukin-12 production / negative regulation of interferon-beta production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / regulation of interleukin-12 production / negative regulation of interferon-beta production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / detection of bacterium / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / VEGFR2 mediated vascular permeability / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / molecular condensate scaffold activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RNA stem-loop binding / specific granule lumen / Interleukin-1 signaling / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / PIP3 activates AKT signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / early endosome membrane / protein homotetramerization / host cell Golgi apparatus / adaptive immune response / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / intracellular iron ion homeostasis / Attachment and Entry / learning or memory
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Yuan, P. / Wu, D.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270995 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100985 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors
著者: Yuan, P. / Wu, D.C.
履歴
登録2024年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: T cell receptor CLA1 beta
I: T cell receptor CLA1 alpha
A: T cell receptor CLA1 beta
B: T cell receptor CLA1 alpha
C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: Nucleoprotein
F: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
J: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,10720
ポリマ－192,15110
非ポリマー95710
水724
1
G: T cell receptor CLA1 beta
I: T cell receptor CLA1 alpha
F: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
J: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,64811
ポリマ－96,0755
非ポリマー5726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11620 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area38150 Å2
手法PISA
2
A: T cell receptor CLA1 beta
B: T cell receptor CLA1 alpha
C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4609
ポリマ－96,0755
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26000 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area72740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.978, 93.303, 261.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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T cell receptor CLA1 ... , 2種, 4分子 GAIB

#1: タンパク質 T cell receptor CLA1 beta


分子量: 27585.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: T cell receptor beta / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 T cell receptor CLA1 alpha


分子量: 23221.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CFDH

#3: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Human leukocyte antigen B / HLA-B


分子量: 32093.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EJ

#5: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1295.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris-base/hydrochloric acid (pH 7.0), 0.2 M lithium sulfate, and 1.9 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→76.1 Å / Num. obs: 48369 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Num. unique obs: 4775 / CC1/2: 0.687

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→76.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 16.021 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23786 2450 5.1 %RANDOM
Rwork0.19354 ---
obs0.19581 45924 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--3.31 Å2-0 Å2
3----3.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→76.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13246 0 51 4 13301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01213659
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.941.82318590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10451632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.331597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.041102122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9994.2016567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.8197.5368186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7494.577092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.10251.8353179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 170 -
Rwork0.288 3343 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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