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- PDB-9j4r: Cryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j4r
タイトルCryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus thermophilus
要素
  • Iron ABC transporter permease
  • Iron ABC transporter, ATP-binding protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Fe3+ ion transporter / ABC importer / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type ferric iron transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, ferric cation import, FbpC / : / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site ...ABC transporter, ferric cation import, FbpC / : / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron ABC transporter permease / Iron ABC transporter, ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Lu, P. / Nagata, K. / Kise, Y. / Nureki, O.
資金援助 日本, 中国, 14件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K22561 日本
Other privateJapan Science Society 2023-4016 日本
Other privateInnovation Center of Yangtze River Delta, Zhejiang University, Research Start-up Project 中国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05771 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17681026 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02151 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K19263 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02555 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
Japan Science and Technology20344981 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121002 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2108 日本
Other privateThe Toyo Suisan Foundation, Scientific Research Grant 2024 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus thermophilus HB8
著者: Lu, P. / Nagata, K. / Kise, Y. / Nureki, O.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron ABC transporter permease
B: Iron ABC transporter, ATP-binding protein
C: Iron ABC transporter, ATP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8413
ポリマ-126,8413
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Iron ABC transporter permease


分子量: 53043.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TthHB5018_17360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7R7TPN0
#2: タンパク質 Iron ABC transporter, ATP-binding protein


分子量: 36898.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TTHA1630 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHV0
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TtFbpBC / タイプ: COMPLEX
詳細: Ferric ion binding protein BC complex from Thermus thermophilus
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1375345 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039127
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55312409
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8381299
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391440
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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