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- PDB-9j4p: Regulatory domain and kinase domain of ALPK1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j4p
タイトルRegulatory domain and kinase domain of ALPK1 protein
要素(Alpha-protein kinase 1) x 2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Complex / Kinase / Immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / photoreceptor connecting cilium / monosaccharide binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cilium assembly / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / response to bacterium / spindle pole ...Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / photoreceptor connecting cilium / monosaccharide binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cilium assembly / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / response to bacterium / spindle pole / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / ciliary basal body / cilium / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-protein kinase 1 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-protein kinase 1 / Alpha-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Xu, C. / Xu, T.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Regulatory domain and kinase domain of ALPK1 protein
著者: Xu, C. / Xu, T.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alpha-protein kinase 1
A: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3834
ポリマ-81,6982
非ポリマー6852
3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.383, 93.383, 172.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-protein kinase 1 / Chromosome 4 kinase / Lymphocyte alpha-protein kinase


分子量: 49545.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALPK1, KIAA1527, LAK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96QP1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Alpha-protein kinase 1


分子量: 32152.516 Da / 分子数: 1 / Fragment: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Alpk1, Kiaa1527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CXB8, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-DY0 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2S,3S,4S,5S,6R)-6-[(1R)-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate


分子量: 619.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C17H27N5O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 12% PEG3350 and 0.1 M CBTP, pH 8.2, 0.1% seed

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.82 Å / Num. obs: 35402 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 31.03 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 1.64
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Num. unique obs: 1172 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20002.7データ削減
PHASER1.3位相決定
BUCCANEER0.1モデル構築
PHENIX1.13精密化
HKL-20002.7データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→38.01 Å / SU ML: 0.2312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 1779 5.03 %
Rwork0.2062 33610 -
obs0.2077 35389 84.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5434 0 41 222 5697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00795579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98297551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.70322068
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.310.2868590.2911172X-RAY DIFFRACTION38.6
2.31-2.380.3002870.24561633X-RAY DIFFRACTION54.11
2.38-2.450.2905950.25151922X-RAY DIFFRACTION63.07
2.45-2.540.3003880.25072149X-RAY DIFFRACTION70.61
2.54-2.640.26541170.24862450X-RAY DIFFRACTION80.42
2.64-2.760.28481500.25252727X-RAY DIFFRACTION89.65
2.76-2.910.24661670.25162969X-RAY DIFFRACTION97.54
2.91-3.090.28451360.24033059X-RAY DIFFRACTION99.91
3.09-3.330.24761570.2283088X-RAY DIFFRACTION99.88
3.33-3.670.24221660.1983052X-RAY DIFFRACTION99.78
3.67-4.20.21971710.17653072X-RAY DIFFRACTION99.27
4.2-5.280.18761800.16253114X-RAY DIFFRACTION99.91
5.29-38.010.21192060.1823203X-RAY DIFFRACTION98.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6949056491990.298364656294-0.2628474244561.367379581040.06332141518470.5617216538020.0562908505438-0.2799130232260.06501494870630.1965143669070.0195356554332-0.0824692404118-0.06601013418530.1140234140630.2911652923380.1786000216320.07556355683620.006472595091920.3593138510180.02764126029750.18049603544136.962951946143.147331953652.9149912686
20.5840450554460.0175834493664-0.02439009795380.1626098483810.5530440456481.169688814610.074267023182-0.716901457453-0.3276690379310.08582318576470.169870436846-1.11370256503-0.2657987331650.0817831115148-0.5344490154340.266207496430.178275050104-0.2098426034370.4918498803960.412658397314-0.66537705820128.454597553128.283229176161.5574131916
30.2889387697280.220845292180.08124738766340.36043017179-0.2550751378230.220182469344-0.1392188607620.0508133973693-0.3505469513630.004330937209470.07470069784520.180637445616-0.0019039126481-0.1978186975120.6558453445620.185534058910.01257073294440.0283671243080.385669429808-0.03697881928230.3327722307856.1471883926623.22457796632.7200662384
40.470972173291-0.166654832256-0.1691104970440.544458701602-0.0987096927560.436371441343-0.09042443631190.02381782845190.17290217088-0.01306789238260.06141245518690.00291731382129-0.347125651842-0.0971979373220.07881101438120.2912984010180.08628487579390.01023683991110.3646688078530.011889615720.339915683212.085667512836.552029047940.6747983951
50.788242908206-0.0446890682194-0.2915433395160.565647200723-0.43364821420.802402318193-0.06993071943050.0353268638514-0.107829135677-0.01997770066990.06095873089610.06897728627060.155565552584-0.0274311846569-0.8565817344030.233875286172-0.00569857316459-0.004488570629630.3464909868590.04984755418590.30071010413720.53071870140.850247883530.5458516459
60.133373255173-0.02433882238710.08949016960350.207450457397-0.1264171779410.3150446837-0.0496081374976-0.1270455292130.385505489289-0.0250177420176-0.138363576029-0.057036262172-0.3068297840270.0323404955520.04451440542440.390327078957-0.0112771795356-0.06414668648240.2775359308690.001046096002980.53024033419317.302681002349.350420324936.2181784048
71.09336632822-0.0775288150871-0.02761902099571.04614419934-0.4262740719750.535927001997-0.1222257017760.3109724796710.315237812838-0.1774606456430.1151857695290.317391857985-0.0931759541942-0.0984393120327-0.09469580678830.318236653596-0.0912270770494-0.0779905692730.7435221081890.3105302339340.61635803474121.721861260451.312951921818.9834142549
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1 through 393 )BA1 - 3931 - 374
22chain 'B' and (resid 394 through 446 )BA394 - 446375 - 427
33chain 'A' and (resid 3 through 47 )AB3 - 471 - 45
44chain 'A' and (resid 48 through 113 )AB48 - 11346 - 103
55chain 'A' and (resid 114 through 162 )AB114 - 162104 - 152
66chain 'A' and (resid 163 through 192 )AB163 - 192153 - 170
77chain 'A' and (resid 193 through 277 )AB193 - 277171 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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