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- PDB-9j32: Crystal structure of aminotransferase-like protein from Variovora... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j32
タイトルCrystal structure of aminotransferase-like protein from Variovorax paradoxus mutant N174K
要素Aminotransferase, class 4
キーワードTRANSFERASE / transaminase / aminotransferase / Variovorax paradoxus / aminotransferase-like protein / catalytic lysine / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase / transaminase activity
類似検索 - 分子機能
: / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / branched-chain-amino-acid transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Variovorax paradoxus B4 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ilyasov, I.O. / Minyaev, M.E. / Rakitina, T.V. / Bakunova, A.K. / Matyuta, I.O. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
引用ジャーナル: Kristallografiya / 年: 2024
タイトル: Protein of unknown function from variovorax paradoxus with amino acid substitution n174k is able to form schiff base with plp molecule
著者: Ilyasov, I. / Minyaev, M. / Rakitina, T. / Bakunova, A. / Popov, V. / Bezsudnova, E. / Boyko, K.
履歴
登録2024年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase, class 4
B: Aminotransferase, class 4
C: Aminotransferase, class 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6274
ポリマ－102,5213
非ポリマー1061
水3,657203
1
A: Aminotransferase, class 4
B: Aminotransferase, class 4
C: Aminotransferase, class 4
ヘテロ分子

A: Aminotransferase, class 4
B: Aminotransferase, class 4
C: Aminotransferase, class 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,2548
ポリマ－205,0426
非ポリマー2122
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area24070 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area57470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.245, 87.340, 104.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質 Aminotransferase, class 4


分子量: 34173.617 Da / 分子数: 3 / 変異: N174K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus B4 (バクテリア)
遺伝子: VAPA_1c54540
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: T1XIY1
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% v/v Tacsimate pH 7.0, 16% Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→21.81 Å / Num. obs: 42508 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 29.99 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3658 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 1.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→21.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.577 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26912 2033 4.9 %RANDOM
Rwork0.21444 ---
obs0.21714 39841 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å2-0.57 Å2
2--1.71 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→21.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6752 0 7 203 6962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0126892
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0166504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0341.7959382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.811.73714847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8585899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.311574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.369101021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3511.9763605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.351.9763606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4773.554501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4783.554502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6252.1573287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6252.1573288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9213.8894882
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.72419.697443
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.71419.647415
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 155 -
Rwork0.278 2942 -
obs--99.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4764-0.64130.63342.01070.39781.25450.3410.0597-0.4819-0.1278-0.16830.21420.2912-0.1834-0.17270.115-0.0315-0.05570.0424-0.01980.1609-14.5873-43.9555-6.5151
21.2896-0.05470.33871.71570.71371.8479-0.074-0.52760.16810.2033-0.0614-0.0054-0.1102-0.38030.13540.08210.02930.02310.2806-0.11120.0876-7.544-13.384327.133
32.7815-0.327-0.36230.8581-0.10151.5-0.2458-0.06870.3651-0.0515-0.0490.1589-0.3199-0.42140.29480.14870.119-0.12070.1523-0.15560.2384-22.9892-2.43631.4112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 402
3X-RAY DIFFRACTION3C15 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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