PDB-9j2p: Fe2+/pterin-dependent,BH4-L-isoleucine-SnPolE complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j2p

タイトル

Fe2+/pterin-dependent,BH4-L-isoleucine-SnPolE complex

要素

SnPolE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fe2+/pterin-dependent

機能・相同性

Protein of unknown function DUF6421 / Family of unknown function (DUF6421) / : / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / ISOLEUCINE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. NTH33 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Zhang, Z.Y. / Chen, W.Q. / Wang, B.J. / Qu, Y. / Gong, R. / Liu, J.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31070027	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170026	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32371303	中国

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2025
タイトル: A two-metalloenzyme cascade constructs the azetidine-containing pharmacophore
著者: Gong, R. / Qu, Y. / Liu, J. / Zhang, X. / Zhou, L. / Tian, Z. / Zeng, X. / Jin, B. / Li, Z. / Yu, L. / Chen, R. / Zhou, Y. / Liao, L. / Yang, L. / Song, X. / Cai, Y.S. / Shen, K. / Deng, Z. / ...

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j2p.cif.gz	174.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j2p.ent.gz	136.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j2p_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j2p_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9j2p_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	9j2p_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/9j2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/9j2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j27C 9j28C 9j29C 9j2aC 9j2bC 9j2cC 9j2eC 9j2mC 9j2rC 9j30C 9j33C 9j3gC 9j3vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (2) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (2)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SnPolE

B: SnPolE

ヘテロ分子

86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.918, 91.250, 113.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SnPolE 分子量: 42808.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. NTH33 (バクテリア) 遺伝子: C1I97_07030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2W2MBS7
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN 分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium bromide 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→23.97 Å / Num. obs: 86987 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.165 / R_pim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / R_merge(I) obs: 1.053 / Num. unique obs: 4522 / R_pim(I) all: 0.498

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→23.97 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	4241	4.91 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.1991	86433	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→23.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5982	0	54	591	6627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	8400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.757	836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	912
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.2695	123	0.2583	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.2616	155	0.2437	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.2692	135	0.2269	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.2721	138	0.2287	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2589	128	0.2364	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.3533	133	0.24	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.3346	132	0.33	2579	X-RAY DIFFRACTION	95
1.91-1.94	0.3494	108	0.3181	2596	X-RAY DIFFRACTION	95
1.94-1.97	0.2796	126	0.2215	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2929	145	0.2086	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2386	132	0.2159	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2482	142	0.204	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.2229	157	0.2016	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.16	0.2504	133	0.2047	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.247	152	0.2142	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.3028	110	0.2433	2668	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.31	0.2227	157	0.2066	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.37	0.2318	158	0.2038	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.44	0.2369	152	0.2072	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.52	0.281	145	0.2131	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.61	0.2904	168	0.2038	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.72	0.2491	160	0.2062	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.84	0.2079	139	0.2102	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.99	0.2245	130	0.2052	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.18	0.2197	136	0.2069	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.42	0.222	151	0.2003	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.77	0.2098	152	0.1749	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.31	0.1768	140	0.1546	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-5.42	0.1694	144	0.1497	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-23.97	0.1923	160	0.1652	2947	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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