PDB-9j23: Structure of a triple-helix region of human Collagen type II from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j23

タイトル

Structure of a triple-helix region of human Collagen type II from Trautec

要素

Triple-helix region of human collagen type II

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Human collagen II / Triple-helix

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Fan, X. / Zhai, Y. / Chu, Y. / Fu, S. / Li, D. / Feng, P. / Cao, K. / Li, J. / Si, Y. / Ma, L. / Qian, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a triple-helix region of human Collagen type II from Trautec
著者: Fan, X. / Zhai, Y. / Chu, Y. / Fu, S. / Li, D. / Feng, P. / Cao, K. / Li, J. / Si, Y. / Ma, L. / Qian, S.

履歴

登録	2024年8月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j23.cif.gz	27.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j23.ent.gz	18.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j23_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j23_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	9j23_validation.xml.gz	6.5 KB	表示
CIF形式データ	9j23_validation.cif.gz	8.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/9j23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/9j23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j1rC 1k6fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Triple-helix region of human collagen type II

B: Triple-helix region of human collagen type II

C: Triple-helix region of human collagen type II

8.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.987, 20.042, 44.985
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.984, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Triple-helix region of human collagen type II 分子量: 2799.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Index-G12:0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH7.5, 25% PEG3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.3 Å / Num. obs: 6457 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.908 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Num. unique obs: 346 / CC_1/2: 0.812

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1K6F

1k6f

解像度: 1.75→44.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 5.293 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2879	299	4.636 %
R_work	0.2407	6151	-
all	0.243	-	-
obs	-	6450	99.737 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.743 Å²	-0 Å²	0.446 Å²
2-	-	1.249 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	554	0	0	84	638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	589
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.807	828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.432	1.677	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.711	5	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.887	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.992	10	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.645	10	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	88
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.314	1.532	333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.312	1.529	332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.172	2.725	411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.169	2.727	412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.646	1.832	256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.643	1.834	257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.615	3.227	417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.612	3.228	418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.287	20.465	693
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.133	16.965	671

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.343	19	0.28	445	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
1.795-1.845	0.333	23	0.288	436	X-RAY DIFFRACTION	99.3506
1.845-1.898	0.341	14	0.251	418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.956	0.309	29	0.248	417	X-RAY DIFFRACTION	99.5536
1.956-2.02	0.323	14	0.246	408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.091	0.338	18	0.24	376	X-RAY DIFFRACTION	99.7468
2.091-2.17	0.408	19	0.239	378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.258	0.244	14	0.226	371	X-RAY DIFFRACTION	99.4832
2.258-2.358	0.242	17	0.24	346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.358-2.473	0.332	18	0.256	326	X-RAY DIFFRACTION	99.422
2.473-2.606	0.316	17	0.274	313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.606-2.764	0.407	16	0.223	291	X-RAY DIFFRACTION	99.6753
2.764-2.954	0.37	14	0.207	294	X-RAY DIFFRACTION	99.6764
2.954-3.189	0.191	17	0.218	264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.189-3.492	0.228	16	0.224	244	X-RAY DIFFRACTION	99.6169
3.492-3.901	0.18	11	0.192	219	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
3.901-4.499	0.225	10	0.211	204	X-RAY DIFFRACTION	100
4.499-5.496	0.382	3	0.267	174	X-RAY DIFFRACTION	100
5.496-7.713	0.288	8	0.284	138	X-RAY DIFFRACTION	99.3197
7.713-44.3	0.085	2	0.448	89	X-RAY DIFFRACTION	98.913

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)